Ocean Gene Atlas

Ocean Gene Atlas(OGA) is a webservice to explore the biogeography of marine genes based on sequence similarity with environmental genomics datasets. OGA is currently implemented with the Tara Ocean Microbiome-Reference Gene Catalog database and the Marine Atlas of Tara Ocean Unigenes. Gene abundance estimates are computed for DNA metagenomes from the smallest Tara Oceans size fractions (from 0 to 3 µm, OM-RGC), and for RNA metatranscriptomes from Tara Oceans larger size fractions (0.8 to 2000µm, MATOU). OGA also includes curated Tara Oceans Eukaryotic Metagenome and Single-Cell Assembled Genomes (MAGs and SAGs), metagenomics-based transcriptomes (MGTs) and metagenome-assembled bacterial and archaeal genomes from the polar Arctic Ocean (Arctic MAG+G).

海洋基因图谱库（Ocean Gene Atlas，OGA）是一款基于序列相似性（sequence similarity）结合环境基因组学数据集（environmental genomics datasets），用于探究海洋基因生物地理分布的网络服务平台。当前OGA集成了塔拉海洋微生物组参考基因目录数据库与塔拉海洋单基因海洋图谱两套数据集。该平台针对最小粒径分级组分（0~3 μm，OM-RGC）的塔拉海洋DNA宏基因组（DNA metagenome），以及更大粒径分级组分（0.8~2000 μm，MATOU）的塔拉海洋RNA宏转录组（RNA metatranscriptome）进行基因丰度估算（gene abundance estimates）。此外，OGA还涵盖经人工整理注释的塔拉海洋真核宏基因组、宏基因组组装基因组（Metagenome-Assembled Genomes，MAGs）与单细胞组装基因组（Single-Cell Assembled Genomes，SAGs），基于宏基因组学的转录组（Metagenomics-based Transcriptomes，MGTs），以及极地北冰洋的宏基因组组装细菌与古菌基因组（Arctic MAG+G）。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

Ocean Gene Atlas（OGA）是一个网络服务，用于基于序列相似性探索海洋基因的生物地理学。它整合了Tara Ocean相关数据库，支持对浮游生物宏基因组中基因分布的分析。