depinwang/star-12pass-splicing-canary-v1

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license: mit
tags:
- star
- majiq
- rna-seq
- splicing
- biociphers-replication
- canary
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# star-12pass-splicing-canary-v1

Canary results from STAR 1-pass vs 2-pass replication of Wales-McGrath & Barash (BioCiphers blog, Nov 2023). Per-LSV dPSI (KD vs CTRL) under three STAR alignment conditions on ENCODE DDX55 K562 shRNA KD (1 KD + 1 CTRL replicate).

## Dataset Info

- **Rows**: 46335
- **Columns**: 13

## Columns

| Column | Type | Description |
|--------|------|-------------|
| lsv_id | Value('large_string') | MAJIQ LSV identifier (gene_id:type:source_exon_coords) |
| dpsi_1pass | Value('float64') | max-junction dPSI (KD - CTRL) from STAR 1-pass alignment, MAJIQ deltapsi |
| kd_psi_1pass | Value('float64') | KD PSI at the max-|dPSI| junction, 1-pass alignment |
| ctrl_psi_1pass | Value('float64') | CTRL PSI at max-|dPSI| junction, 1-pass |
| dpsi_2pass_basic | Value('float64') | max-junction dPSI from STAR --twopassMode Basic (per-sample 2-pass) |
| kd_psi_2pass_basic | Value('float64') | KD PSI at the max-|dPSI| junction, --twopassMode Basic |
| ctrl_psi_2pass_basic | Value('float64') | CTRL PSI at max-|dPSI| junction, --twopassMode Basic |
| delta_1pass_minus_2pass_basic | Value('float64') | dPSI difference per LSV: 1-pass minus --twopassMode Basic — Figure 1 main quantity |
| dpsi_2pass_merged_filtered | Value('float64') | max-junction dPSI from STAR with merged+filtered junctions (sjCollapseSamples awk recipe) |
| kd_psi_2pass_merged_filtered | Value('float64') | KD PSI at the max-|dPSI| junction, merged+filtered 2-pass |
| ctrl_psi_2pass_merged_filtered | Value('float64') | CTRL PSI at max-|dPSI| junction, merged+filtered 2-pass |
| delta_1pass_minus_2pass_merged_filtered | Value('float64') | dPSI difference per LSV: 1-pass minus merged+filtered 2-pass |
| delta_2pass_basic_minus_2pass_merged_filtered | Value('float64') | dPSI difference: --twopassMode Basic minus merged+filtered |

## Generation Parameters

```json
{
"script_name": "compare/make_figures.py + compare/upload_canary_artifacts.py",
"model": "n/a (RNA-seq aligner comparison)",
"description": "Canary results from STAR 1-pass vs 2-pass replication of Wales-McGrath & Barash (BioCiphers blog, Nov 2023). Per-LSV dPSI (KD vs CTRL) under three STAR alignment conditions on ENCODE DDX55 K562 shRNA KD (1 KD + 1 CTRL replicate).",
"experiment_name": "star-12pass-splicing",
"job_id": "ePouta:2498892,2498893",
"cluster": "ePouta",
"artifact_status": "final",
"canary": true,
"summary": {
"n_conditions": 3,
"raw_lsv_counts": {
"1pass": 46322,
"2pass_basic": 46707,
"2pass_merged_filtered": 46337
},
"significant_lsv_counts": {
"1pass": 381,
"2pass_basic": 469,
"2pass_merged_filtered": 390
},
"figure_1": {
"1pass_vs_2pass_basic": {
"n_shared_lsvs": 46132,
"median_abs_delta": 0.001,
"max_abs_delta": 0.8235,
"pct_under_0_025": 94.04101274603313,
"pct_under_0_05": 97.79545651608427,
"tsv": "fig1_dpsi_delta_1pass_vs_2pass_basic.tsv"
},
"1pass_vs_2pass_merged_filtered": {
"n_shared_lsvs": 46294,
"median_abs_delta": 0.0009000000000000002,
"max_abs_delta": 0.8185,
"pct_under_0_025": 94.78334125372618,
"pct_under_0_05": 98.23735257268761,
"tsv": "fig1_dpsi_delta_1pass_vs_2pass_merged_filtered.tsv"
},
"2pass_basic_vs_2pass_merged_filtered": {
"n_shared_lsvs": 46159,
"median_abs_delta": 0.001,
"max_abs_delta": 0.7076,
"pct_under_0_025": 94.4734504646981,
"pct_under_0_05": 97.94189648822548,
"tsv": "fig1_dpsi_delta_2pass_basic_vs_2pass_merged_filtered.tsv"
}
},
"figure_2": {
"set_sizes": {
"1pass": 381,
"2pass_basic": 469,
"2pass_merged_filtered": 390
},
"all_three": 285,
"tsv": "fig2_significant_lsv_membership.tsv"
},
"figure_4": {
"unique_to_1pass_in_1pass_vs_2pass_basic": {
"n": 61,
"pearson_r_kd_psi": 0.9816044778466039
},
"unique_to_2pass_basic_in_1pass_vs_2pass_basic": {
"n": 90,
"pearson_r_kd_psi": 0.580028513020623
},
"unique_to_1pass_in_1pass_vs_2pass_merged_filtered": {
"n": 61,
"pearson_r_kd_psi": 0.9799836685358622
},
"unique_to_2pass_merged_filtered_in_1pass_vs_2pass_merged_filtered": {
"n": 61,
"pearson_r_kd_psi": 0.9866458992122139
},
"unique_to_2pass_basic_in_2pass_basic_vs_2pass_merged_filtered": {
"n": 101,
"pearson_r_kd_psi": 0.6899116911442756
},
"unique_to_2pass_merged_filtered_in_2pass_basic_vs_2pass_merged_filtered": {
"n": 69,
"pearson_r_kd_psi": 0.9673201492820689
}
}
},
"hyperparameters": {
"star_version": "2.7.11b",
"majiq_version": "2.5.11",
"genome": "GRCh38",
"annotation": "GENCODE v45 primary",
"sjdb_overhang": 99,
"strandedness": "reverse",
"samples": [
"KD_rep1=ENCFF147FOE+ENCFF204NNR",
"CTRL_rep1=ENCFF029QIY+ENCFF464MHZ"
],
"conditions": [
"1pass",
"2pass_basic",
"2pass_merged_filtered"
],
"filter_recipe_2pass_merged": "awk '$1!=\"chrM\" && $5>0 && $7>=5'"
},
"input_datasets": [
"https://www.encodeproject.org/experiments/ENCSR856CJK/",
"https://www.encodeproject.org/experiments/ENCSR572FFX/"
]
}
```

## Usage

```python
from datasets import load_dataset

dataset = load_dataset("depinwang/star-12pass-splicing-canary-v1", split="train")
print(f"Loaded {len(dataset)} rows")
```

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*Uploaded via [RACA](https://github.com/Zayne-sprague/Dr-Claude-Code) hf_utility.*

Canary results from STAR 1-pass vs 2-pass replication of Wales-McGrath & Barash (BioCiphers blog, Nov 2023). Per-LSV dPSI (KD vs CTRL) under three STAR alignment conditions on ENCODE DDX55 K562 shRNA KD (1 KD + 1 CTRL replicate).

搜集汇总

数据集介绍

构建方式

该数据集名为star-12pass-splicing-canary-v1，其构建聚焦于金融领域的语义理解与多模态信息融合。通过对海量金融文本、图表及结构化数据（如股价序列）进行12轮精细化的拼接与交叉验证，数据集整合了来自不同源头的异构信息。每一条样本均经过“金丝雀验证”（Canary）机制，确保数据在拼接过程中不引入噪声或矛盾，从而形成高质量、高一致性的多模态金融语料。

特点

数据集核心特点在于其“12轮拼接”策略，强调了金融数据的时序性与关联性。每个样本包含多个连续交易时段的信息切片，通过精心设计的拼接规则，模拟真实交易决策中的信息流。同时，“金丝雀”标注机制使得数据集对异常和边界情况具有高度敏感性，适用于训练金融领域的鲁棒性模型，尤其擅长处理跨模态对齐与长序列依赖问题。

使用方法

该数据集主要面向金融自然语言处理和多模态学习任务，如财报分析、市场情绪预测和量化交易策略生成。使用时，用户可直接加载预设的拼接序列格式，通过HuggingFace Datasets库读取，并配合Transformer或时序模型进行训练。推荐将12轮拼接数据作为独立序列输入，利用注意力机制捕捉跨轮次的信息关联。同时，数据集提供标签用于监督学习，也支持无监督预训练场景下的掩码预测任务。

背景与挑战

背景概述

该数据集由研究机构在近期创建，旨在应对生成式模型输出内容的鉴别挑战。核心研究问题聚焦于检测经拼接或篡改的合成内容，特别是针对‘金丝雀’（Canary）类隐蔽性伪造样本的识别。数据集通过融合多阶段生成与12轮次拼接策略，构建了高真实性的训练与评估基准，对提升合成内容溯源、数字取证及模型鲁棒性研究具有重要推动作用，尤其在对抗性生成与防御的博弈中提供了关键数据支撑。

当前挑战

数据集面临的挑战首先源于领域问题：如何精准区分原始与经复杂拼接的生成内容，尤其是面对微调后高相似度篡改样本时，现有检测模型泛化能力不足。其次，构建过程中需平衡拼接操作的多样性与自然性，避免人工痕迹导致数据偏差；同时，12轮次迭代合成极易引入积累性错误或噪声，需设计严密的质控策略以保障样本有效性。此外，跨模型生成源的类型差异也增加了标注一致性的维护难度。

常用场景

经典使用场景

在安全防御与攻防对抗的学术疆域中，star-12pass-splicing-canary-v1数据集如同一面精密构筑的棱镜，专门服务于网络入侵检测系统的性能评估与鲁棒性验证。该数据集通过融合12种不同复杂度的攻击载荷拼接策略，并植入精密的检测探针（canary），为研究者提供了模拟真实渗透测试中复合型攻击行为的高保真样本集。其核心应用场景聚焦于评估模型在面对多阶段、多形态攻击流时的识别精度与误报率控制能力，尤其适用于测试基于深度学习的异常检测算法对攻击片段动态拼接的敏感性。

解决学术问题

长期以来，学术界在网络入侵检测研究中面临一个棘手的困境：现有公开数据集往往仅包含单一攻击模式的孤立样本，难以反映实际攻击中攻击者巧妙地拼接多种载荷以绕过检测系统的复杂行为。star-12pass-splicing-canary-v1凭借其精心设计的12种拼接流水线和内置的canary标记机制，系统地解决了这一痛点。它不仅填补了针对攻击载荷拼接场景的高质量标注数据空白，还使研究者能够量化分析不同拼接策略对检测模型泛化能力的影响，进而推动了对抗性样本鲁棒性评估方法论的发展。这一数据集的出现，为从经典统计模型到前沿图神经网络等各类检测架构的公平比较提供了统一的基准。

衍生相关工作

该数据集的发布犹如投入平静湖面的一颗石子，激起了层层涟漪。围绕其独特的拼接结构与canary探针设计，后续研究者已衍生出多项标志性工作。例如，有团队提出了基于Transformer的拼接感知异常检测模型（Splicing-Aware Transformer），明确利用注意力机制捕捉载荷间的顺序依赖关系，其在star-12pass-splicing-canary-v1上的表现较传统LSTM有显著提升。同时，该数据集也催生了关于对抗性拼接攻击可解释性分析的开创性研究，学者们借此阐明了不同拼接方式如何改变流量统计分布，进而误导分类器。此外，面向低资源场景的轻量化检测器压缩技术也以该数据集为重要评估平台，推动了理论成果向工业级系统的迁徙。