vatsal0804/AgentProject_XuLab_data
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--- license: mit tags: - cryo-et - tomography - segmentation - biology - microscopy - sam - medsam pretty_name: AgentProject XuLab — CryoET Large Files size_categories: - 1B<n<10B --- # AgentProject XuLab — Large Files This dataset hosts large binary files for the [AgentProject_XuLab](https://github.com/vatsal-ts/AgentProject_XuLab) repository, which is part of the XuLab research project on AI-driven Cryo-Electron Tomography (CryoET) analysis. These files are stored here due to GitHub's 100MB file size limit. ## Contents | File | Size | Description | |---|---|---| | `sam_vit_b_01ec64.pth` | 358 MB | SAM (Segment Anything Model) ViT-B checkpoint | | `medsam_vit_b.pth` | 358 MB | MedSAM ViT-B checkpoint (medical image segmentation) | | `tomograms/local.mrc` | 1.6 GB | CryoET tomogram — full volume (NPC1-deficient HEK293T cells) | | `tomograms/mitochondrion_20036.mrc` | 385 MB | CryoET tomogram — mitochondrion annotation volume | ## About the Data The tomogram files are from a CryoET dataset of **NPC1-deficient human HEK293T cells** with annotations for multiple cellular features including lysosomes, mitochondria, and membranes. The `.pth` files are pretrained model weights used by the CryoETAgent pipeline for organelle segmentation: - **SAM** ([Kirillov et al., 2023](https://arxiv.org/abs/2304.02643)) — general-purpose segmentation - **MedSAM** ([Ma et al., 2024](https://www.nature.com/articles/s41467-024-44824-z)) — SAM fine-tuned for medical/biological imaging ## Usage Clone the GitHub repo and run the download script: ```bash git clone https://github.com/vatsal-ts/AgentProject_XuLab cd AgentProject_XuLab pip install huggingface_hub python download_large_files.py ``` This will place all files in their correct locations automatically. ## Related - GitHub repo: [vatsal-ts/AgentProject_XuLab](https://github.com/vatsal-ts/AgentProject_XuLab) - CryoETAgent: AI agent for automated CryoET organelle analysis
许可证：MIT许可证 标签： - cryo-et（冷冻电子断层成像） - tomography（断层成像） - segmentation（图像分割） - biology（生物学） - microscopy（显微成像） - SAM - MedSAM 数据集展示名称：AgentProject XuLab — 冷冻电子断层成像大文件集 文件大小分类：1B<n<10B（10亿字节 < 数据量 < 100亿字节） --- # AgentProject XuLab — 大文件集 本数据集为[AgentProject_XuLab](https://github.com/vatsal-ts/AgentProject_XuLab)仓库提供大型二进制文件支持，该仓库隶属于XuLab团队开展的AI驱动冷冻电子断层成像（CryoET）分析研究项目。 由于GitHub平台存在100MB的单文件大小限制，因此将这些大文件存储于此。 ## 数据集内容 | 文件路径 | 大小 | 描述 | |---|---|---| | `sam_vit_b_01ec64.pth` | 358 MB | SAM（Segment Anything Model，分割一切模型）ViT-B 模型检查点文件 | | `medsam_vit_b.pth` | 358 MB | MedSAM ViT-B 模型检查点文件（适用于医学图像分割任务） | | `tomograms/local.mrc` | 1.6 GB | 冷冻电子断层成像断层图 — 完整体积数据（NPC1缺陷型人源HEK293T细胞） | | `tomograms/mitochondrion_20036.mrc` | 385 MB | 冷冻电子断层成像断层图 — 线粒体标注体积数据 | ## 数据说明 本数据集的断层图文件源自**NPC1缺陷型人源HEK293T细胞**的冷冻电子断层成像数据集，包含溶酶体、线粒体及细胞膜等多种细胞结构的标注信息。 上述`.pth`格式文件为CryoETAgent流程中用于细胞器分割的预训练模型权重： - **SAM**（[Kirillov等，2023](https://arxiv.org/abs/2304.02643)）—— 通用型图像分割模型 - **MedSAM**（[Ma等，2024](https://www.nature.com/articles/s41467-024-44824-z)）—— 针对医学/生物成像场景微调的SAM变体模型 ## 使用方法 克隆GitHub仓库并运行下载脚本： bash git clone https://github.com/vatsal-ts/AgentProject_XuLab cd AgentProject_XuLab pip install huggingface_hub python download_large_files.py 执行上述命令后，所有文件将自动被部署至正确路径。 ## 相关资源 - GitHub仓库：[vatsal-ts/AgentProject_XuLab](https://github.com/vatsal-ts/AgentProject_XuLab) - CryoETAgent：用于自动化冷冻电子断层成像细胞器分析的AI智能体（AI Agent）
