KimLabDevCCFv001

This package is the version 001 release of the Kim Lab Developmental CCF (KimLabDevCCFv001). KimLabDevCCF is a 3D whole mouse brain multimodal common coordinate framework. v001 includes multimodal templates (STPT, LSFM, and MRI) for the adult mouse brain (P56) as well as continuous 3D annotations segmented according to Luis Puelles' Developmental Vertebrate Ontology. The package contains the following files representative of the P56 mouse brain at 10um, 25um, and 50um isotropic resolution: - The CCFv3 Template: CCFv3_average_template_ASL_Oriented_u16_10um.nii.gz - Developmental Atlas segmentations based on the Developing Mouse Brain Atlas: KimLabDevCCFv001_Annotations_ASL_Oriented_10um.nii.gz - LSFM average template registered to the Allen CCFv3 Space: KimLabDevCCFv001_iDiscoLSFM2CCF_avgTemplate_ASL_Oriented_10um.nii.gz - The Allen Developing Mouse Brain Atlas Ontology Structure modified to include labels present in the KimLabDevCCFv001 that are not present in the Allen ontology: KimLabDevCCFv001_MouseOntologyStructure.csv (additional labels - MRI average templates of 6 contrasts (a0, adc, dwo, fa, MTR, T2) registered to the Allen CCFv3 Space: KimLabDevCCFv001_P56_MRI-a02CCF_avgTemplate_ASL_Oriented_10um.nii.gz KimLabDevCCFv001_P56_MRI-adc2CCF_avgTemplate_ASL_Oriented_10um.nii.gz KimLabDevCCFv001_P56_MRI-dwi2CCF_avgTemplate_ASL_Oriented_10um.nii.gz KimLabDevCCFv001_P56_MRI-fa2CCF_avgTemplate_ASL_Oriented_10um.nii.gz KimLabDevCCFv001_P56_MRI-MTR2CCF_avgTemplate_ASL_Oriented_10um.nii.gz KimLabDevCCFv001_P56_MRI-T22CCF_avgTemplate_ASL_Oriented_10um.nii.gz *Note: All data in this release version are registered to the Allen Institute CCFv3 morphological space.

本数据包为Kim实验室发育型通用脑坐标框架（Kim Lab Developmental Common Coordinate Framework, CCF）的001版正式发布内容（KimLabDevCCFv001）。KimLabDevCCF是面向成年小鼠脑（P56日龄）的三维全脑多模态通用坐标框架，其v001版本包含三类模态的模板：结构光照明光子层析成像（Structured Illumination Photon Tomography, STPT）、光片荧光显微镜（Light Sheet Fluorescence Microscopy, LSFM）以及磁共振成像（Magnetic Resonance Imaging, MRI）成年小鼠脑模板，同时包含基于路易斯·普耶莱斯（Luis Puelles）发育脊椎动物本体论进行分割的连续三维注释数据集。
本数据包包含适配P56日龄小鼠脑、分辨率分别为10μm、25μm及50μm的各向同性分辨率数据集文件，具体如下：
- 通用脑坐标框架v3（Common Coordinate Framework v3, CCFv3）模板：CCFv3_average_template_ASL_Oriented_u16_10um.nii.gz
- 基于发育小鼠脑图谱的发育型图谱注释文件：KimLabDevCCFv001_Annotations_ASL_Oriented_10um.nii.gz
- 配准至艾伦脑科学研究所CCFv3空间的光片荧光显微镜平均模板：KimLabDevCCFv001_iDiscoLSFM2CCF_avgTemplate_ASL_Oriented_10um.nii.gz
- 适配本数据包的修改版艾伦发育小鼠脑图谱本体结构：该本体结构补充了KimLabDevCCFv001中存在但艾伦本体未收录的标签，对应文件为KimLabDevCCFv001_MouseOntologyStructure.csv
- 配准至艾伦CCFv3空间的6种对比度磁共振成像平均模板：分别对应a0、adc、dwo、fa、MTR、T2六种对比度，对应文件依次为：
KimLabDevCCFv001_P56_MRI-a02CCF_avgTemplate_ASL_Oriented_10um.nii.gz
KimLabDevCCFv001_P56_MRI-adc2CCF_avgTemplate_ASL_Oriented_10um.nii.gz
KimLabDevCCFv001_P56_MRI-dwi2CCF_avgTemplate_ASL_Oriented_10um.nii.gz
KimLabDevCCFv001_P56_MRI-fa2CCF_avgTemplate_ASL_Oriented_10um.nii.gz
KimLabDevCCFv001_P56_MRI-MTR2CCF_avgTemplate_ASL_Oriented_10um.nii.gz
KimLabDevCCFv001_P56_MRI-T22CCF_avgTemplate_ASL_Oriented_10um.nii.gz
*注：本发布版本的所有数据均已配准至艾伦脑科学研究所通用脑坐标框架v3（Allen Institute Common Coordinate Framework v3, CCFv3）形态学空间。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

KimLabDevCCFv001是一个三维全鼠脑多模态通用坐标框架数据集，包含成年鼠脑（P56）的多模态模板（如STPT、LSFM和MRI）以及基于发育脊椎动物本体的连续三维注释。所有数据都注册到Allen Institute CCFv3形态空间，提供多种分辨率和文件格式，适用于神经信息学和脑成像研究。