PlantPhoneDB

In this study, we developed PlantPhoneDB (https://jasonxu.shinyapps.io/PlantPhoneDB/), a pan-plant database comprising a large number of high-confidence ligand-receptor pairs manually curated from seven resources. Also, we developed a PlantPhoneDB R package, which not only provided optional four scoring approaches that calculate interaction scores of ligand-receptor pairs between cell types but also provided visualization functions to present analysis results.本研究开发了PlantPhoneDB泛植物数据库（https://jasonxu.shinyapps.io/PlantPhoneDB/），该数据库收录了从7个资源中人工甄选得到的大量高可信度配体-受体对（ligand-receptor pair）。此外，本研究还开发了PlantPhoneDB R包，该工具不仅提供四种可选的评分方法，用于计算不同细胞类型间配体-受体对的相互作用评分，还配备了可视化功能以呈现分析结果。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

PlantPhoneDB是一个手动整理的泛植物配体-受体对数据库，旨在推断细胞间通讯，涵盖多个物种并包含大量高置信度对。该数据库提供R包工具，支持互作分数计算和结果可视化，同时整合了scRNA-seq数据集以辅助分析。