ModBase database of comparative protein structure models

ModBase (https://salilab.org/modbase) is a database of annotated comparative protein structure models. The models are calculated by ModPipe, an automated modeling pipeline that relies primarily on Modeller for fold assignment, sequence-structure alignment, model building, and model assessment (https://salilab.org/modeller/). ModBase currently contains almost 30 million reliable models for domains in 4.7 million unique protein sequences. ModBase allows users to compute or update comparative models on demand, through an interface to the ModWeb modeling server (https://salilab.org/modweb).

ModBase（https://salilab.org/modbase）是一个收录带注释的比较蛋白质结构模型（comparative protein structure models）的数据库。数据库内的所有模型均由ModPipe生成，ModPipe是一套自动化建模管线，主要依托Modeller完成折叠分配、序列-结构比对、模型构建与模型评估等工作（https://salilab.org/modeller/）。目前ModBase已收录近3000万个可靠模型，覆盖470万个独特蛋白质序列对应的结构域。用户可通过ModWeb建模服务器（https://salilab.org/modweb）提供的接口，按需计算或更新比较蛋白质结构模型。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

ModBase是一个比较蛋白质结构模型数据库，通过自动化建模流程ModPipe生成，包含约3000万个可靠模型，覆盖470万个独特蛋白质序列。数据库支持用户通过ModWeb按需计算或更新模型，但已不再积极开发，且模型为理论计算，可能存在显著误差。