KTED

KTED compiles high-quality mobile-element insertions of four families (Alu, LINE-1, SVA, HERV-K) identified with MELT from whole-genome sequencing of 2 500 Korean Genome & Epidemiology Study participants. The web interface lets users query insertions by gene, genomic region or allele-frequency bin and compare TE burdens across five disease cohorts (hypertension, cancer, diabetes, thyroid disorders, hyperlipidaemia).KTED 数据集收录了借助MELT工具，从2500名韩国基因组与流行病学研究（Korean Genome & Epidemiology Study）参与者的全基因组测序数据中鉴定得到的4个家族（Alu、LINE-1、SVA、HERV-K）的高质量移动元件插入（mobile-element insertions）序列。该数据集配备网页界面，支持用户按基因、基因组区域或等位基因频率区间查询转座因子（transposable element, TE）插入位点，并可对比5种疾病队列间的转座子负荷。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

KTED是一个专注于韩国人群的转座子元件数据库，基于2500名韩国基因组与流行病学研究参与者的全基因组测序数据，通过MELT工具识别了Alu、LINE-1、SVA和HERV-K等家族的移动元件插入。该数据库提供网络界面，支持用户按基因、基因组区域或等位基因频率区间查询插入信息，并可比较高血压、癌症、糖尿病、甲状腺疾病和高脂血症等五种疾病队列中的TE负担分布。