PaGenBase

PaGenBase is is a free database that provides information of pattern genes (specific genes, selective genes, housekeeping genes and repressed genes) of 11 model organisms identified from serial gene expression profiles of multiple physiological conditions. PaGenBase has collected 143 quality microarray, NGS and tiling array datasets, as well as the literature, including 1,145,277 profiles. It involves kinds of time/tissue-specific conditions from the aspects of tissue/cell type, development/differention and so on.PaGenBase数据库是一款免费资源，收录了从多种生理状态的系列基因表达谱中鉴定出的11种模式生物（model organisms）的模式基因（pattern genes）信息，涵盖特异性基因（specific genes）、选择性基因（selective genes）、持家基因（housekeeping genes）与抑制型基因（repressed genes）四类。该数据库共收录143套高质量的微阵列（microarray）、下一代测序（Next Generation Sequencing, NGS）和平铺阵列芯片（tiling array）数据集，同时整合了相关文献资源，累计包含1,145,277条基因表达谱。其涵盖了从组织/细胞类型、发育/分化等多个维度出发的各类时间特异性或组织特异性研究场景。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

PaGenBase是一个免费数据库，提供11种模式生物的模式基因信息，这些基因基于多生理条件下的基因表达谱识别。该数据库整合了143个高质量数据集和文献，包含超过114万条表达谱，涵盖组织类型、发育阶段等时间与组织特异性条件。