Transcriptional profiling of cerebral cortex from a mouse model of Huntington's disease (Q140) crossed with Msh3 heterozygous and homozygous mice [Msh3_cortex]

As part of collaboration between UCLA and CHDI, UCLA is creating knockouts (KOs) of 123 genes, implicated in Huntingtons disease (HD) through various computational modeling efforts. Cerebral cortex was isolated from 12-month-old Msh3+/- mice and Msh3-/- (KO) crossed with the Q140 knock-in (KI) HD mice and their respective controls. Transcriptomic analysis (RNASeq) was performed on 6 genotypes: WT, Msh3+/-, Msh3-/-, Q140, Q140 X Msh3+/- and Q140 X Msh3-/-, 8 replicates per genotype. RNASeq analysis was performed on samples from the cerebral cortex tissues of 12-month-old Msh3+/-, Msh3-/-, Q140, Q140 X Msh3+/- and Q140 X Msh3-/-, and wild-type mice. N = 8 per group (4F/4M).本数据集为加州大学洛杉矶分校（UCLA）与CHDI合作项目的组成部分，UCLA针对通过多种计算建模研究证实与亨廷顿舞蹈症（Huntingtons disease, HD）相关的123个基因构建了基因敲除模型（knockout, KO）。研究人员从12月龄的Msh3+/-小鼠，以及与Q140敲入模型（knock-in, KI）HD小鼠杂交得到的Msh3-/-（KO）小鼠及其对应对照中分离大脑皮层组织。针对6种基因型的样本开展了转录组测序（RNASeq）分析，这6种基因型分别为野生型（WT）、Msh3+/-、Msh3-/-、Q140、Q140 × Msh3+/-以及Q140 × Msh3-/-，每种基因型设置8个生物学重复。本次RNASeq分析的样本来自上述6种基因型12月龄小鼠的大脑皮层组织，每组样本量n=8（4雌4雄）。