RiceVarMap

RiceVarMap v2.0 is a comprehensive database for rice genomic variation and its functional annotation. It provides curated information of 17,397,026 genomic variations (including 14,541,446 SNPs and 2,855,580 small INDELs ) from sequencing data of 4,726 rice accessions. These variations were identified using GATK software based on the assembly Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0.

RiceVarMap v2.0是一款综合性的水稻基因组变异及其功能注释数据库。该数据库收录了经人工审核整理的、基于4726份水稻种质材料测序数据的17397026个基因组变异信息，其中包含14541446个单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）与2855580个小型插入缺失（INDEL）。上述变异均以参考基因组组装序列Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0为参照，通过GATK软件鉴定得到。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

RiceVarMap v2.0是一个全面的水稻基因组变异数据库，包含来自4,726个水稻种质的超过1,700万个基因组变异（如SNPs和INDELs），基于高质量测序数据并经过基因型插补和评估，缺失率低于3%且准确率超过99%。该数据库提供全面的变异功能注释，包括染色质可及性分析和深度学习预测，同时整合了表型数据和GWAS结果，支持13个农艺性状和840个代谢物性状的查询，并配备多种在线工具（如变异搜索、引物设计和调控变异优先排序），旨在促进水稻遗传研究和育种应用。