长链非编码RNA和染色质可及性的调控关联促进了红细胞的分化

红系分化是一个受多种因素调控的动态过程，而长链非编码rna (long noncoding rna, lncRNAs)与染色质可及性之间的相互作用及其对红系分化的影响尚不清楚。为了阐明这种相互作用，我们使用来自人脐带血的造血干细胞、多能祖细胞、普通髓祖细胞、巨核细胞-红细胞祖细胞和红母细胞作为红细胞分化模型，通过整合RNA-seq和ATAC-seq数据来探索lncRNAs和染色质可及性的协调调节功能。我们发现染色质可及性和lncRNAs的整合网络在整个红细胞分化过程中表现出特定阶段的变化，并且在红细胞成熟阶段的变化是戏剧性的。我们发现了一组与红细胞分化过程中染色质可及性相关的阶段特异性lncrna和转录因子(tf)，其中lncrna是通过lncrna - tf基因网络调控红细胞末段分化的关键因子。LncRNA PCED1B-AS1在红细胞分化过程中通过协调GATA1与染色质的动态结合以及与细胞骨架网络的相互作用来调节终末红细胞分化。DANCR是另一个在巨核细胞-红系祖细胞阶段高表达的lncRNA，已被证实通过影响巨核细胞分化并与染色质可及性和tf(如RUNX1)协调来促进红系分化。总的来说，我们的研究结果确定了红细胞生成中lncrna和染色质可及性的相关网络，为红细胞分化提供了新的见解，并为进一步的研究提供了丰富的资源。