wwydmanski/biodataome
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资源简介：
BioDataome是一个统一预处理和自动注释的数据集集合，用于数据驱动的生物学研究。处理后的数据可以通过BioDataome网站以.csv格式访问，也可以通过github上的BioDataome包获取。BioDataome包包含了用于下载、预处理和注释来自Gene Expression Omnibus的基因表达和甲基化微阵列数据以及来自recount的RNASeq数据的所有功能。
BioDataome是一个统一预处理和自动注释的数据集集合，用于数据驱动的生物学研究。处理后的数据可以通过BioDataome网站以.csv格式访问，也可以通过github上的BioDataome包获取。BioDataome包包含了用于下载、预处理和注释来自Gene Expression Omnibus的基因表达和甲基化微阵列数据以及来自recount的RNASeq数据的所有功能。
提供机构：
wwydmanski
原始信息汇总
BioDataome 数据集概述
基本信息
- 许可证: afl-3.0
- 任务类别: 表格分类
- 美观名称: BioDataome
- 大小类别:
- n<1k
- 1K<n<10K
- 标签: 生物学
数据集描述
BioDataome 是一个集合了多种预处理和自动注释的生物数据集。这些数据可以通过 BioDataome 网站以 .csv 格式访问，或通过 GitHub 上的 BioDataome 包获取。该包包含了下载、预处理和注释基因表达和甲基化微阵列数据的功能，数据来源包括 Gene Expression Omnibus 和 recount 的 RNASeq 数据。
使用示例
python import datasets ds = datasets.load_dataset("wwydmanski/biodataome", "GSE24849")[train] split_ds = ds.train_test_split(test_size=0.1) train_ds, test_ds = split_ds[train], split_ds[test]
y_train = train_ds.to_pandas()[metadata].apply(lambda x: x[class]) X_train = pd.DataFrame.from_records(train_ds.to_pandas()[data])
y_test = test_ds.to_pandas()[metadata].apply(lambda x: x[class]) X_test = pd.DataFrame.from_records(test_ds.to_pandas()[data])
数据来源
请参考 原始元数据 获取可用数据集列表。
