OncoDB

An online database resource to explore abnormal patterns in gene expression as well as viral infection that are correlated to clinical features in cancer. Specifically, OncoDB integrated RNA-seq, DNA methylation, and related clinical data from over 10 000 cancer patients in the TCGA study as well as from normal tissues in the GTEx study.

OncoDB是一款用于探索与癌症临床特征相关的基因表达异常模式及病毒感染情况的在线数据库资源。具体而言，该数据库整合了来自癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）研究中超过10000名癌症患者的RNA测序（RNA-seq）、DNA甲基化（DNA methylation）及相关临床数据，同时纳入了基因型组织表达（Genotype-Tissue Expression, GTEx）研究的正常组织相关数据。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

OncoDB是一个全面的癌症多组学数据库，整合了来自TCGA、GTEx和CPTAC项目的基因表达、DNA甲基化、体细胞突变和蛋白质组学数据，支持差异表达、生存分析和多组学关联分析。此外，它还提供致癌病毒对基因表达、甲基化和患者生存影响的分析。