PEARL-Neuro Dataset

PEARL-Neuro数据集旨在促进开放科学，提供有关研究细节的更新、修正和额外信息，以及与该数据集相关的研究成果列表。该数据集以BIDS格式准备，可通过多种方式下载。

The PEARL-Neuro dataset is intended to advance open science, providing updates, corrections, supplementary information related to research details, as well as a list of research outputs associated with this dataset. This dataset is prepared in BIDS format and can be downloaded via multiple methods.

原始信息汇总

PEARL-Neuro 数据集概述

数据集下载

• 下载链接: OpenNeuro 下载页面
• 格式: BIDS 格式
• 下载方式: Node.js, Amazon S3, DataLad, Git Annex, 或 shell 脚本
• 下载次数: 165 次
• 浏览次数: 6164 次

研究成果报告

• 重要提示: 请报告任何与共享数据相关的研究成果，包括出版物、预印本、海报、摘要、演讲和任何商业用途。这有助于确保透明度并告知用户已在此数据集上执行的分析。
• 联系邮箱: [e-mail], [e-mail]

研究成果追踪

出版物

• Dzianok P, Kublik E. Altered granulocyte count and erythrocyte measures in middle-aged, healthy carriers of APOE and PICALM risk genes for Alzheimers disease. Acta Neurobiol Exp. 2023;83(2):127-139. DOI: 10.55782/ane-2023-012
• [bioRxiv PREPRINT] Dzianok P, Wojciechowski J, Wolak T, Kublik E. Alzheimer’s disease-like features in resting state EEG/fMRI of cognitively intact and healthy middle-aged APOE/PICALM risk carriers. bioRxiv 2024.06.20.599857. DOI: 10.1101/2024.06.20.599857
• 即将发布的预印本: Cognitive resilience or vulnerability? The role of APOE/PICALM variants in attention and memory tasks among healthy individuals
• 即将发布的预印本: The impact of APOE/PICALM genetic variations on cortical thickness in healthy, middle-aged Alzheimer’s disease risk carriers

额外数据可用性

• 结构MRI数据: 受保护并可申请获取。需要签署数据使用协议（DUA）。
• MRI数据描述: 使用Siemens Prisma FIT 3T扫描仪进行MRI实验。结构图像参数包括重复时间（TR）2400 ms，反转时间（TI）1000 ms，回波时间（TE）2.74 ms，翻转角8度，视野（FOV）256x256 mm，体素大小0.8x0.8x0.8 mm。T1加权图像的总采集时间为6分钟52秒。所有MRI文件经过fsl_deface算法处理。

资金支持

• 资助机构: 波兰国家科学中心（NCN）
• 资助编号: 2018/31/N/HS6/03551

搜集汇总

数据集介绍

构建方式

PEARL-Neuro数据集的构建遵循了开放科学的原则，旨在促进神经科学研究的透明性和可重复性。该数据集采用BIDS（Brain Imaging Data Structure）格式进行组织，确保了数据的结构化和标准化。通过使用Siemens Prisma FIT 3T扫描仪，结合64通道相控阵RF头部线圈，获取了高质量的结构MRI数据。数据采集参数包括2400 ms的重复时间（TR）、1000 ms的反转时间（TI）、2.74 ms的回波时间（TE）、8度的翻转角、256x256 mm的视野（FOV）以及0.8x0.8x0.8 mm的体素大小。所有MRI文件均经过fsl_deface算法处理，以保护受试者隐私。

使用方法

PEARL-Neuro数据集可通过OpenNeuro平台进行下载，支持多种下载方式，包括Node.js、Amazon S3、DataLad、Git Annex和shell脚本。研究人员在下载和使用数据集时，需遵循开放科学的原则，及时报告相关研究成果，以促进透明度和协作。对于需要访问受保护的结构MRI数据的研究人员，需联系数据集维护者并签署数据使用协议（DUA）。数据集的使用应遵循相关伦理和法律规范，确保数据的合法和道德使用。

背景与挑战

背景概述

PEARL-Neuro数据集是由Nencki Institute of Experimental Biology的主要研究人员Ewa Kublik和Piotr Dzianok创建的，旨在推动神经科学领域的开放科学。该数据集于2024年发布，专注于阿尔茨海默病风险基因APOE和PICALM对健康中年人群的影响。通过结合EEG/fMRI和结构MRI数据，PEARL-Neuro数据集为研究阿尔茨海默病的早期生物标志物提供了宝贵的资源，对神经科学和遗传学领域具有重要影响。

当前挑战

PEARL-Neuro数据集在构建过程中面临多重挑战。首先，数据采集涉及复杂的EEG/fMRI和结构MRI技术，确保数据质量和一致性是一大难题。其次，数据集的开放性要求严格的隐私保护措施，特别是对结构MRI数据的访问控制。此外，数据集的多样性和复杂性增加了数据分析的难度，需要开发新的分析工具和方法。最后，确保研究透明度和促进合作，要求研究人员及时报告和共享研究成果，这对数据集的长期维护和利用提出了额外要求。

常用场景

经典使用场景

在神经科学领域，PEARL-Neuro数据集的经典使用场景主要集中在阿尔茨海默病（AD）风险基因的研究上。该数据集通过整合EEG/fMRI数据，为研究APOE和PICALM基因在健康中年人群中的表现提供了丰富的资源。研究者可以利用这些数据分析这些基因对大脑结构和功能的影响，特别是在认知功能和记忆任务中的表现。

解决学术问题

PEARL-Neuro数据集解决了神经科学领域中关于阿尔茨海默病风险基因如何影响健康人群的学术问题。通过提供详细的EEG/fMRI数据，该数据集帮助研究者深入探讨APOE和PICALM基因在无症状个体中的作用，揭示了这些基因在早期阶段对大脑功能的影响，为预防和早期干预阿尔茨海默病提供了重要的科学依据。

实际应用

在实际应用中，PEARL-Neuro数据集为临床诊断和个性化医疗提供了宝贵的资源。通过分析数据集中的EEG/fMRI信息，医疗专业人员可以更早地识别出阿尔茨海默病的潜在风险，从而制定针对性的预防和治疗策略。此外，该数据集还支持开发新的生物标志物，用于监测和评估治疗效果，推动了神经退行性疾病研究的临床转化。

数据集最近研究

最新研究方向

在神经科学领域，PEARL-Neuro数据集的最新研究方向主要集中在阿尔茨海默病（AD）的风险基因APOE和PICALM对健康中年人的影响。研究者们通过结合静息状态的EEG/fMRI数据，探索这些风险基因在认知功能和大脑结构中的潜在作用。例如，Dzianok等人通过分析EEG/fMRI数据，发现APOE/PICALM风险基因携带者在静息状态下表现出类似阿尔茨海默病的特征，尽管他们在认知上仍保持健康。此外，研究还关注这些基因变异对皮质厚度的影响，以及它们在注意力和记忆任务中的表现。这些研究不仅有助于理解阿尔茨海默病的发病机制，还为早期诊断和干预提供了新的视角。