SaProtHub/Dataset-Binding_Site_Detection-ProteinShake
收藏Hugging Face2025-01-27 更新2024-06-12 收录
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资源简介：
Binding Site Detection数据集用于预测蛋白质残基是否属于小分子结合腔。结合位点残基是指那些位于PDBBind提供的结合口袋内的残基。默认的评估指标是马修斯相关系数。数据集的结构类型为PDB，来源于ProteinShake Building datasets and benchmarks for deep learning on protein structures。数据集按照70%的结构相似性进行划分，分为训练集、验证集和测试集，数量分别为2368、442和464。数据格式为LMDB格式，包含了蛋白质的PDB ID、结构感知序列和所有残基的分类标签。
Binding Site Detection数据集用于预测蛋白质残基是否属于小分子结合腔。结合位点残基是指那些位于PDBBind提供的结合口袋内的残基。默认的评估指标是马修斯相关系数。数据集的结构类型为PDB，来源于ProteinShake Building datasets and benchmarks for deep learning on protein structures。数据集按照70%的结构相似性进行划分，分为训练集、验证集和测试集，数量分别为2368、442和464。数据格式为LMDB格式，包含了蛋白质的PDB ID、结构感知序列和所有残基的分类标签。
提供机构：
SaProtHub
原始信息汇总
数据集概述
数据集描述
- 目标预测： 预测蛋白质残基是否属于小分子结合腔。
- 结合位点定义： 结合位点残基是指那些位于PDBBind提供的结合口袋内的残基。
- 默认评估指标： Matthews Correlation。
数据集分割
- 结构类型： PDB
- 数据来源： ProteinShake Building datasets and benchmarks for deep learning on protein structures
- 分割依据： 基于70%结构相似性
- 分割详情：
- 训练集： 2368
- 验证集： 442
- 测试集： 464
数据格式
- 存储格式： LMDB
- 数据库架构：
- 样本数量： 数据集中的样本总数
- 样本详情：
- 名称（PDB ID）： 蛋白质的PDB标识
- 序列（结构感知序列）： 蛋白质的结构感知序列
- 标签（分类标签）： 所有残基的分类标签
