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biodatasets/afdb_e_coli

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Hugging Face2024-11-14 更新2025-11-15 收录
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资源简介:
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数据集信息: 1. 配置名称:array 特征字段: - 字段名:name,数据类型:字符串 - 字段名:structure,为结构体类型,包含以下子字段: - 字段名:coords(坐标),数据类型为二维数组:形状为(可变长度, 3),数据类型为半精度浮点数(float16) - 字段名:restype_index(残基类型索引),数据类型为一维数组:形状为(可变长度),数据类型为无符号8位整数(uint8) - 字段名:chain_id(链标识符),数据类型为一维数组:形状为(可变长度),数据类型为字符串 - 字段名:b_factor(B因子,即蛋白质结构温度因子),数据类型为一维数组:形状为(可变长度),数据类型为半精度浮点数(float16) 数据划分: - 划分名称:训练集(train),字节占用量:232476354.0,样本数量:8726 下载总大小:119713209 字节 数据集存储总大小:232476354.0 字节 生物信息特征: - 字段名:name,数据类型:字符串 - 字段名:structure,数据类型为蛋白质原子数组特征(protein_atom_array_feature),具体配置如下: 残基字典: - 残基名称列表:ALA、ARG、ASN、ASP、CYS、GLN、GLU、GLY、HIS、ILE、LEU、LYS、MET、PHE、PRO、SER、THR、TRP、TYR、UNK、VAL - 残基单字母缩写列表:A、R、N、D、C、Q、E、G、H、I、L、K、M、F、P、S、T、W、Y、X、V 残基原子映射: ALA:N、CA、C、O、CB ARG:N、CA、C、O、CB、CG、CD、NE、CZ、NH1、NH2 ASN:N、CA、C、O、CB、CG、OD1、ND2 ASP:N、CA、C、O、CB、CG、OD1、OD2 CYS:N、CA、C、O、CB、SG GLN:N、CA、C、O、CB、CG、CD、OE1、NE2 GLU:N、CA、C、O、CB、CG、CD、OE1、OE2 GLY:N、CA、C、O HIS:N、CA、C、O、CB、CG、ND1、CD2、CE1、NE2 ILE:N、CA、C、O、CB、CG1、CG2、CD1 LEU:N、CA、C、O、CB、CG、CD1、CD2 LYS:N、CA、C、O、CB、CG、CD、CE、NZ MET:N、CA、C、O、CB、CG、SD、CE PHE:N、CA、C、O、CB、CG、CD1、CD2、CE1、CE2、CZ PRO:N、CA、C、O、CB、CG、CD SER:N、CA、C、O、CB、OG THR:N、CA、C、O、CB、OG1、CG2 TRP:N、CA、C、O、CB、CG、CD1、CD2、NE1、CE2、CE3、CZ2、CZ3、CH2 TYR:N、CA、C、O、CB、CG、CD1、CD2、CE1、CE2、CZ、OH UNK:N、CA、C、O、CB、CG VAL:N、CA、C、O、CB、CG1、CG2 残基元素组成映射: ALA:N、C、C、O、C ARG:N、C、C、O、C、C、C、N、C、N、N ASN:N、C、C、O、C、C、O、N ASP:N、C、C、O、C、C、O、O CYS:N、C、C、O、C、S GLN:N、C、C、O、C、C、C、O、N GLU:N、C、C、O、C、C、C、O、O GLY:N、C、C、O HIS:N、C、C、O、C、C、N、C、C、N ILE:N、C、C、O、C、C、C、C LEU:N、C、C、O、C、C、C、C LYS:N、C、C、O、C、C、C、C、N MET:N、C、C、O、C、C、S、C PHE:N、C、C、O、C、C、C、C、C、C、C PRO:N、C、C、O、C、C、C SER:N、C、C、O、C、O THR:N、C、C、O、C、O、C TRP:N、C、C、O、C、C、C、C、N、C、C、C、C、C TYR:N、C、C、O、C、C、C、C、C、C、C、O UNK:N、C、C、O、C、C VAL:N、C、C、O、C、C、C 未知残基名称:UNK 支持的原子类型:N、CA、C、CB、O、CG、CG1、CG2、OG、OG1、SG、CD、CD1、CD2、ND1、ND2、OD1、OD2、SD、CE、CE1、CE2、CE3、NE、NE1、NE2、OE1、OE2、CH2、NH1、NH2、OH、CZ、CZ2、CZ3、NZ、OXT 支持的元素类型:C、N、O、S 残基分类:所有列示残基均为蛋白质源性残基 主链原子:N、CA、C、O 残基转换规则: 1. 残基MSE(硒代甲硫氨酸)转换为MET(甲硫氨酸):原子替换为将SE替换为SD,元素替换为将SE替换为S 2. 残基SEC(硒代半胱氨酸)转换为CYS(半胱氨酸):原子替换为将SE替换为SG,元素替换为将SE替换为S 其他配置:所有原子均已包含,加载方式为按链加载,坐标数据类型为float16,B因子即为预测局部距离差测试得分(pLDDT),B因子数据类型为float16,不包含元素信息、异质原子,包含B因子信息 2. 配置名称:default 特征字段: - 字段名:name,数据类型:字符串 - 字段名:structure,为结构体类型,包含以下子字段: - 字段名:bytes,数据类型:二进制数据 - 字段名:path,数据类型:字符串 - 字段名:type,数据类型:字符串 数据划分: - 划分名称:训练集(train),字节占用量:43892127.0,样本数量:8726 下载总大小:43456244 字节 数据集存储总大小:43892127.0 字节 生物信息特征: - 字段名:name,数据类型:字符串 - 字段名:structure,数据类型为蛋白质结构特征(protein_structure_feature),其残基字典、原子映射等配置与array配置一致,额外配置:保留末端羧基氧原子(OXT) 配置列表: - 配置名称:array,数据文件路径:array/train-*(对应训练集划分) - 配置名称:default,数据文件路径:data/train-*(对应训练集划分)
提供机构:
biodatasets
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