海带circRNA表达2018；海带circRNA2019定量验证

国家海洋科学数据中心2025-09-13 更新2024-03-04 收录

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原始读数由自定义Perl脚本进行修剪和质量过滤，然后使用TopHat将其映射到所引用的基因组。从未映射的reads的两端提取20个mers并与参考基因组对齐，以确定剪接位点内的独特锚定位置。以相反方向排列的锚读(头部到尾部)表明circRNA剪接，然后进行fnd_circ来鉴定circRNA。对所鉴定环状rna的类型、基因组分布和分布长度进行统计学分析。每个鉴定到的circRNA的转录使用每千碱基一个读取数和每百万映射读取数的转录数进行归一化，并且通过DEGseq R包以2倍的倍数变化筛选circRNA的差异转录。差异表达的环状rna最终被定义为绝对log2 (fold-changes)≥2。