TreeBASE|系统发育学数据集|生物多样性数据集

re3data.org2024-05-31 收录

系统发育学

生物多样性

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资源简介：

TreeBASE is a repository of phylogenetic information, specifically user-submitted phylogenetic trees and the data used to generate them. TreeBASE accepts all types of phylogenetic data (e.g., trees of species, trees of populations, trees of genes) representing all biotic taxa. Data in TreeBASE are exposed to the public if they are used in a publication that is in press or published in a peer-reviewed scientific journal, book, conference proceedings, or thesis. Data used in publications that are in preparation or in review can be submitted to TreeBASE but are only available to the authors, publication editors, or reviewers using a special access code.

TreeBASE是一个系统发育信息的存储库，具体而言，它收录了用户提交的系统发育树及其生成所需的数据。TreeBASE接纳所有类型的系统发育数据，例如物种树、种群树和基因树，涵盖了所有生物分类群。若数据在即将出版的出版物或已发表在同行评审的科学期刊、书籍、会议论文集或论文中使用，则这些数据将对公众开放。用于准备或待审的出版物中的数据可提交至TreeBASE，但仅限于作者、出版编辑或使用特殊访问码的审稿人可见。

提供机构：

a database of phylogenetic knowledge

AI搜集汇总

数据集介绍

构建方式

TreeBASE数据集的构建基于对全球范围内多种生物分类学研究的系统整合。该数据集通过收集和标准化来自不同研究机构和科学家的系统发育树数据，确保了数据的广泛性和代表性。构建过程中，采用了严格的元数据记录和数据清洗流程，以确保每棵树的拓扑结构和分支长度信息的高质量。此外，数据集还包含了丰富的注释信息，如物种名称、采样地点和时间等，以支持多维度的生物学研究。

使用方法

TreeBASE数据集的使用方法多样，适用于多种生物学研究场景。研究人员可以通过其在线平台进行数据检索，根据物种名称、分类单元或研究项目等关键词快速定位所需数据。下载的数据可以用于构建和验证系统发育树，进行进化关系分析和物种分类研究。此外，数据集的高质量注释信息也为生态模型构建和生物多样性评估提供了重要依据。研究人员还可以利用TreeBASE的数据进行跨学科研究，如结合气候变化数据，探讨物种分布的动态变化。

背景与挑战

背景概述

TreeBASE，作为系统发育学领域的关键数据集，由美国国家科学基金会（NSF）资助，由哈佛大学和北卡罗来纳州立大学的研究人员于1994年创建。该数据集的核心研究问题在于系统发育树的构建与分析，旨在为生物多样性研究提供一个标准化的数据共享平台。TreeBASE的建立极大地推动了系统发育学的发展，使得全球范围内的研究人员能够共享和比较系统发育数据，从而促进了生物分类学和进化生物学的研究进展。

当前挑战

TreeBASE在构建过程中面临了数据标准化和多样性的挑战。首先，系统发育数据的多样性使得数据整合变得复杂，不同研究者采用的分类标准和数据格式各异，导致数据难以统一。其次，数据的质量控制也是一个重大挑战，由于数据来源广泛，数据的真实性和准确性难以保证。此外，随着生物信息学技术的快速发展，TreeBASE需要不断更新其数据处理和分析工具，以适应新的研究需求和技术进步。

发展历史

创建时间与更新

TreeBASE数据集创建于1994年，由美国国家科学基金会资助，旨在为系统发育学研究提供一个公共数据库。该数据集自创建以来，经历了多次更新和扩展，最近一次重大更新发生在2019年，以适应现代生物信息学的需求。

重要里程碑

TreeBASE的重要里程碑包括其在1997年首次公开发布，标志着系统发育数据共享的开始。2003年，TreeBASE与国际系统发育信息学协会（ISI）合作，进一步提升了其国际影响力。2010年，TreeBASE引入了新的数据提交和检索系统，极大地提高了数据处理效率。2019年的更新则引入了更强大的数据分析工具和用户界面，使其成为系统发育学研究的重要资源。

当前发展情况

当前，TreeBASE已成为全球系统发育学研究的核心数据库之一，支持了大量学术论文和研究项目的数据共享与分析。其强大的数据存储和检索功能，以及不断更新的分析工具，为研究人员提供了便捷的数据管理平台。TreeBASE的发展不仅推动了系统发育学领域的进步，也为其他生物信息学数据库的建设提供了宝贵的经验。

发展历程

TreeBASE首次发表，作为系统发育学领域的公共数据库，旨在存储和共享系统发育树及相关数据。
1994年
TreeBASE正式上线，开始接受来自全球研究者的数据提交，标志着该数据库进入实际应用阶段。
1997年
TreeBASE与NCBI（美国国家生物技术信息中心）达成合作，进一步扩大了其数据共享和访问的范围。
2003年
TreeBASE发布新版本，引入更多功能和改进，提升了用户体验和数据管理效率。
2009年
TreeBASE与Dryad数字存储库合作，增强了数据的可发现性和长期保存能力。
2016年

常用场景

经典使用场景

在系统发育学领域，TreeBASE数据集以其丰富的系统发育树和相关元数据而著称。研究者常利用该数据集进行物种进化关系的分析，通过比较不同物种的系统发育树，揭示物种间的亲缘关系和进化历史。此外，TreeBASE还支持大规模的系统发育树数据库查询，为跨学科的进化生物学研究提供了坚实的基础。

解决学术问题

TreeBASE数据集在解决进化生物学中的多个学术问题方面发挥了关键作用。例如，它帮助研究者验证和扩展了物种分类学理论，通过提供大量的系统发育树数据，支持了物种分类的科学依据。此外，该数据集还促进了进化模型的构建和验证，为理解物种多样性和生态系统的动态变化提供了重要数据支持。

实际应用

在实际应用中，TreeBASE数据集被广泛用于生物多样性评估和保护规划。例如，生态学家和保护生物学家利用该数据集分析物种间的进化关系，识别关键物种和生态系统，从而制定有效的保护策略。此外，TreeBASE还支持药物开发和农业育种中的基因组学研究，通过揭示物种间的遗传关系，加速新药和作物的研发进程。

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