Spatial mapping of human hematopoiesis at single-cell resolution reveals aging-associated topographic remodeling

This repository contains the data for the paper "Spatial mapping of human hematopoiesis at single-cell resolution reveals aging-associated topographic remodeling".

Data schema is follows:

'n_obs': 1510295, 'n_vars': 6, 'obs': ['sample_id',         'cell_index',         'cell_type',         'graph_cluster',         'distance_Fat',         'distance_Trabecules',         'distance_Endothelium',         'perimeter',         'center_x',         'center_y',         'cell_type_community',         'nb_num_pixels_150_Endothelium',         'nb_num_pixels_150_Trabeculae',         'nb_num_pixels_150_Fat',         'nuclei_ratio',         'case_id',         'category',         'age_at_dx',         'm_f',         'CD71_mean_intensity',         'CD61_mean_intensity',         'CD117_mean_intensity',         'CD38_mean_intensity',         'CD34_mean_intensity',         'CD15_mean_intensity',         'chm',         'cell_area_um',         'age_group',         'gender',         'fat_to_cell_ratio',         'fat_to_cell_amount',         'organism_ontology_term_id',         'donor_id',         'disease_ontology_term_id',         'tissue_type',         'suspension_type',         'development_stage_ontology_term_id',         'sex_ontology_term_id',         'assay_ontology_term_id',         'tissue_ontology_term_id',         'self_reported_ethnicity_ontology_term_id',         'cell_type_ontology_term_id'], 'obsm': ['X_graph_nn_embeddings', 'X_pca', 'spatial'], 'uns': ['age_group_palette',         'cell_type_colors',         'cell_type_order',         'cell_type_palette',         'cytopenia_palette',         'dendrogram_graph_cluster',         'gender_palette',         'graph_cluster_palette',         'sample_order',         'staging_palette',         'tissue_type_palette',         'title'], 'var': ['gene_name_at_imaging']}

anndata.X contains mean intensity values per segmented cell contour