Combined analysis of lncRNA and mRNA emphasizes the potential role of tryptophan-mediated regulation of muscle development in weaned piglets by lncRNA

猪肉是一种重要的高价值蛋白质来源，满足了猪肉对高营养需求的需求，可以满足猪肉正常生长发育、修复和新陈代谢的需要。色氨酸（Trp）是猪的第二或第三限制性氨基酸，对仔猪生长性能和肌肉发育具有不可替代的作用，其内在调控机制尚不明确。为了探究Trp调控仔猪肌肉发育的生物学基础，并确定相关的调控途径，我们研究了20头断奶仔猪。将仔猪分为对照组（CON，0.14% Trp）和高Trp组（HT，0.35% Trp）。他们用不同浓度的 Trp 饲喂 28 d，然后进行 wegroup 分组，收集背最长肌 （LD） 进行组织形态学分析，并在饲喂不同浓度的 Trp 日粮 28 天后。同时，提取仔猪LD肌肉RNA。提取Ours用于RNA-seq转录组测序，并分析差异。结果表明，HT日粮显著提高了断奶仔猪日均增重、肌细胞数量和肌纤维密度。同时，我们通过RNA测序（RNA-seq）对LD肌肉中的253个lncRNA和1055个mRNA进行了差异化分析，并对LD肌肉中的这些差异表达（DE）基因进行了分析。我们鉴定出253个lncRNA和1055个mRNA主要参与成肌细胞增殖和肌纤维形成，特别是通过FoxO信号通路、AMPK信号通路和代谢。结合DE lncRNA靶向关系和构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络，发现了一种新的lncRNA，即XLOC_021675或FRPMD，并阐明了其在调控仔猪中的作用，进一步分析了DE lncRNA调控肌肉发育的机制。在仔猪中，并将新发现的XLOC_021675命名为FRPMD。最后，我们确认了RT-PCR通过逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）验证了RNA-seqse测序结果的真实性。这些数据。本研究结合表型分析研究了lncRNA介导的断奶仔猪肌肉发育Trp调控机制，为合理优化仔猪日粮配比、促进猪肉产量提高提供了理论依据。