Formation of the Spliceosomal E complex

Splicing of pre-mRNAs occurs co-transcriptionally in mammals. The U1 snRNP, comprising the U1 snRNA, Sm ring, SNRNP70, SNRPA, and SNRPC, interacts with RNA polymerase II (Zhang et al. 2021) and binds the 5' splice site of the nascent pre-mRNA to initiate formation of the early spliceosomal complex (Spliceosomal E complex) (Zhuang and Weiner 1986, Kondo et al. 2015, Tan et al. 2016). Binding of the U1 snRNA to the pre-mRNA is mediated by base-pairing between the U1 snRNA and the 5' splice site. The zinc finger of SNRPC also binds the pre-RNA to stabilize the interaction (Kondo et al. 2015). Within the Spliceosomal E complex, SF1 binds the branch point within the intron and pre-bulges the adenosine residue of the branch point (Crisci et al. 2015). The U2AF1:U2AF2 heterodimer (also called the U2AF35:U2AF65 heterodimer or the U2AF complex) binds the polypyrimidine tract of the intron and the 3' splice site (Berglund et al. 1998). The U2 snRNP complex may be loosely associated with the Spliceosomal E complex but does not yet bind the pre-mRNA (Hong et al. 1997, Das et al. 2000). Most alternative splicing factors bind the pre-mRNA prior to formation of the Spliceosomal E complex and influence the selection of the splice sites by interacting with components of the spliceosome. The components of the Spliceosomal E complex have been ascertained using proteomic and structural methods (Hartmuth et al. 2002, Rappsilber et al. 2002, Hegele et al. 2012, Makarov et al. 2012).

哺乳动物中，前信使RNA的拼接过程发生在转录的同时。U1小核仁RNA颗粒（由U1小核仁RNA、Sm环、SNRNP70、SNRPA和SNRPC组成）与RNA聚合酶II（张等，2021年）相互作用，并结合新生前信使RNA的5'拼接位点，以启动早期剪接体复合物（剪接体E复合物）的形成（庄和韦纳，1986年；近藤等，2015年；谭等，2016年）。U1小核仁RNA与前信使RNA的结合是通过U1小核仁RNA与5'拼接位点之间的碱基配对介导的。SNRPC的锌指结构也结合前RNA以稳定相互作用（近藤等，2015年）。在剪接体E复合物中，SF1结合内含子中的分支点，并使分支点的腺苷酸残基发生预膨出（克里斯奇等，2015年）。U2AF1:U2AF2异源二聚体（也称为U2AF35:U2AF65异源二聚体或U2AF复合体）结合内含子的多嘧啶轨道和3'拼接位点（伯格伦德等，1998年）。U2小核仁RNA颗粒可能与剪接体E复合物松散地相关联，但尚未结合前信使RNA（洪等，1997年；达斯等，2000年）。大多数可变剪接因子在剪接体E复合物形成之前结合前信使RNA，并通过与剪接体成分的相互作用影响拼接位点的选择。剪接体E复合物的成分已通过蛋白质组学和结构学方法确定（哈特穆思等，2002年；拉普西伯尔等，2002年；赫格尔等，2012年；马卡罗夫等，2012年）。