BIGG Database

BiGG is a knowledgebase of Biochemically, Genetically and Genomically structured genome-scale metabolic network reconstructions. BiGG integrates several published genome-scale metabolic networks into one resource with standard nomenclature which allows components to be compared across different organisms. BiGG can be used to browse model content, visualize metabolic pathway maps, and export SBML files of the models for further analysis by external software packages. Users may follow links from BiGG to several external databases to obtain additional information on genes, proteins, reactions, metabolites and citations of interest.

BiGG乃生物化学、遗传学和基因组尺度代谢网络重构的数据库。该数据库整合了多个已发表的基因组尺度代谢网络，并采用统一的命名规范，以便于跨不同生物体对组成部分进行比较。BiGG支持浏览模型内容、可视化代谢通路图，并能导出模型为SBML格式，以便外部软件包进行进一步分析。用户可从BiGG链接至多个外部数据库，以获取关于感兴趣基因、蛋白质、反应、代谢物及其引用的额外信息。

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背景与挑战

背景概述

BIGG Database是一个生物化学、遗传和基因组结构化的基因组规模代谢网络重建知识库，整合了多个已发表的代谢网络，采用标准命名法便于跨生物比较。它包含超过5000种代谢物、10000个反应和2000个人类基因，支持浏览模型内容、可视化代谢通路图以及导出SBML文件进行分析，数据可开放获取。