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Gurveer05/maize-promoter-sequences

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Hugging Face2024-01-14 更新2024-03-04 收录
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https://hf-mirror.com/datasets/Gurveer05/maize-promoter-sequences
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资源简介:
该数据集包含了26个玉米NAM品系的启动子序列,这些序列用于微调Florabert模型。数据是通过处理来自MaizeGDB的原始fasta文件和gff3文件创建的,使用了samtools和bedtools工具提取了序列上游1kb的启动子序列。数据被分为训练集和测试集,比例为70:30,总共包含约100万条序列。
提供机构:
Gurveer05
原始信息汇总

玉米NAM品系启动子序列数据集

数据集描述

该数据集包含26个玉米NAM品系的启动子序列,这些序列已被用于Florabert的微调步骤。数据集是通过处理来自MaizeGDB的原始fasta文件和gff3文件创建的。

数据处理

使用samtoolsbedtools从这些文件中提取了位于序列上游1kb的启动子序列。

数据划分

数据已被分为训练集和测试集(70-30划分),总共有约100万个序列。

数据获取步骤

获取该数据的步骤可在Github Repository中找到。

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