pVHL:EloB:EloC in complex with (2S,4R)-1-((S)-2-((S)-2-acetamido-4-methylpentanamido)-3,3-dimethylbutanoyl)-4-hydroxy-N-(4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)pyrrolidine-2-carboxamide (ligand 13)

pVHL:EloB:EloC in complex with (2S,4R)-1-((S)-2-((S)-2-acetamido-4-methylpentanamido)-3,3-dimethylbutanoyl)-4-hydroxy-N-(4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)pyrrolidine-2-carboxamide (ligand 13) Descriptor: N-acetyl-L-leucyl-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)benzyl]-L-prolinamide, Transcription elongation factor B polypeptide 1, Transcription elongation factor B polypeptide 2, ... Authors: Gadd, M.S, Galdeano, C, van Molle, I, Ciulli, A. Deposit date: 2014-08-27 Release date: 2014-09-10 Last modified: 2024-10-09 Method: X-RAY DIFFRACTION (2.2 Å) Cite: Structure-Guided Design and Optimization of Small Molecules Targeting the Protein-Protein Interaction between the von Hippel-Lindau (VHL) E3 Ubiquitin Ligase and the Hypoxia Inducible Factor (HIF) Alpha Subunit with in Vitro Nanomolar Affinities. J.Med.Chem., 57, 2014

本数据集收录了希佩尔-林道蛋白（von Hippel-Lindau protein, pVHL）、转录延伸因子B多肽1（Transcription elongation factor B polypeptide 1, EloB）、转录延伸因子B多肽2（Transcription elongation factor B polypeptide 2, EloC）与配体13形成的复合物三维结构。配体13的系统化学命名为(2S,4R)-1-((S)-2-((S)-2-乙酰胺基-4-甲基戊酰胺基)-3,3-二甲基丁酰基)-4-羟基-N-(4-(4-甲基噻唑-5-基)苄基)吡咯烷-2-甲酰胺，其标准化描述为：N-乙酰-L-亮氨酰-3-甲基-L-缬氨酰-(4R)-4-羟基-N-[4-(4-甲基-1,3-噻唑-5-基)苄基]-L-脯氨酰胺。该复合物涉及的蛋白组分还包括转录延伸因子B多肽1、转录延伸因子B多肽2（原文未完全列出）。
作者：Gadd, M.S、Galdeano, C、van Molle, I、Ciulli, A。
提交日期：2014年8月27日；发布日期：2014年9月10日；最后修改日期：2024年10月9日。
结构解析方法：X射线衍射（分辨率2.2 Å）。
相关引用文献：《结构导向设计与优化靶向希佩尔-林道（von Hippel-Lindau, VHL）E3泛素连接酶与缺氧诱导因子（hypoxia-inducible factor, HIF）α亚基之间蛋白质相互作用的小分子化合物：体外纳摩尔级亲和力》，《Journal of Medicinal Chemistry》，2014年，第57卷。