LD information used in MUSSEL for EUR, AFR, AMR, EAS, and SAS

Estimated LD block matrices and other LD information used in MUSSEL for EUR, AFR, AMR, EAS, and SAS for approximately 2.0 million SNPs in HapMap 3 plus MEGA. Given the limited storage space on Zenodo, we have deposited the LD information generated based on 1000 Genomes LD reference panel and provided the link to download the LD files below using: (1) 1000 Genomes LD reference panel: EUR: https://www.dropbox.com/s/wvxh4yqthm8m7uf/EUR.zip?dl=0 (~6.73G, unzip by: tar -zxvf EUR.tar.gz) AFR: https://www.dropbox.com/s/iwqg65uieevfzj2/AFR.zip?dl=0 (~7.69G, unzip by: tar -zxvf AFR.tar.gz) AMR: https://www.dropbox.com/s/mev5zyf4x6m076q/AMR.zip?dl=0 (~8.80G, unzip by: tar -zxvf AMR.tar.gz) EAS: https://www.dropbox.com/s/o28mlovtakv5n7v/EAS.zip?dl=0 (~5.63G, unzip by: tar -zxvf EAS.tar.gz) SAS: https://www.dropbox.com/s/idp02rgl8xv379b/SAS.zip?dl=0 (~2.60G, unzip by: tar -zxvf SAS.tar.gz) (2) UK Biobank reference panel: EUR: https://www.dropbox.com/scl/fi/09yd12dest1tqxkt8p8ch/EUR.zip?rlkey=774vb1e5d6hfnyucilx160cyo&dl=0 (~13.15G, unzip by: tar -zxvf EUR.tar.gz) AFR: https://www.dropbox.com/scl/fi/jfymih83anr2vuevmfqok/AFR.zip?rlkey=r1lxpn1fnbk98ssf8f8ji4xkk&dl=0 (~11.59G, unzip by: tar -zxvf AFR.tar.gz) AMR: https://www.dropbox.com/s/2ba4tsbhz03rg83/AMR.zip?dl=0 (~4.88G, unzip by: tar -zxvf AMR.tar.gz) EAS: https://www.dropbox.com/s/uofu788707dp4xv/EAS.zip?dl=0 (~4.27G, unzip by: tar -zxvf EAS.tar.gz) SAS: https://www.dropbox.com/scl/fi/o635c86ylthbl3omfetbu/SAS.zip?rlkey=ot396toxl0phaiae15cnpbeyn&dl=0 (~11.44G, unzip by: tar -zxvf SAS.tar.gz)

本数据集包含针对欧洲（EUR）、非洲（AFR）、美洲（AMR）、东亚（EAS）及南亚（SAS）人群、用于MUSSEL工具的估计连锁不平衡（Linkage Disequilibrium, LD）区块矩阵与其他LD相关信息，涉及HapMap 3与MEGA联合数据集中共约200万个单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）位点。鉴于Zenodo平台存储空间有限，我们已上传基于1000 Genomes LD参考面板生成的LD信息，并提供如下LD文件下载方式：
(1) 基于1000 Genomes LD参考面板：
欧洲（EUR）：https://www.dropbox.com/s/wvxh4yqthm8m7uf/EUR.zip?dl=0（文件大小约6.73G，解压命令：tar -zxvf EUR.tar.gz）
非洲（AFR）：https://www.dropbox.com/s/iwqg65uieevfzj2/AFR.zip?dl=0（文件大小约7.69G，解压命令：tar -zxvf AFR.tar.gz）
美洲（AMR）：https://www.dropbox.com/s/mev5zyf4x6m076q/AMR.zip?dl=0（文件大小约8.80G，解压命令：tar -zxvf AMR.tar.gz）
东亚（EAS）：https://www.dropbox.com/s/o28mlovtakv5n7v/EAS.zip?dl=0（文件大小约5.63G，解压命令：tar -zxvf EAS.tar.gz）
南亚（SAS）：https://www.dropbox.com/s/idp02rgl8xv379b/SAS.zip?dl=0（文件大小约2.60G，解压命令：tar -zxvf SAS.tar.gz）
(2) 基于英国生物银行（UK Biobank）参考面板：
欧洲（EUR）：https://www.dropbox.com/scl/fi/09yd12dest1tqxkt8p8ch/EUR.zip?rlkey=774vb1e5d6hfnyucilx160cyo&dl=0（文件大小约13.15G，解压命令：tar -zxvf EUR.tar.gz）
非洲（AFR）：https://www.dropbox.com/scl/fi/jfymih83anr2vuevmfqok/AFR.zip?rlkey=r1lxpn1fnbk98ssf8f8ji4xkk&dl=0（文件大小约11.59G，解压命令：tar -zxvf AFR.tar.gz）
美洲（AMR）：https://www.dropbox.com/s/2ba4tsbhz03rg83/AMR.zip?dl=0（文件大小约4.88G，解压命令：tar -zxvf AMR.tar.gz）
东亚（EAS）：https://www.dropbox.com/s/uofu788707dp4xv/EAS.zip?dl=0（文件大小约4.27G，解压命令：tar -zxvf EAS.tar.gz）
南亚（SAS）：https://www.dropbox.com/scl/fi/o635c86ylthbl3omfetbu/SAS.zip?rlkey=ot396toxl0phaiae15cnpbeyn&dl=0（文件大小约11.44G，解压命令：tar -zxvf SAS.tar.gz）

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集包含五个群体（EUR、AFR、AMR、EAS、SAS）的LD信息，用于MUSSEL分析，基于1000 Genomes和UK Biobank参考面板生成，数据量较大，需通过提供的链接下载。