利用二甲基哌啶交联剂DPST一步富集和定量分析体内蛋白质复合物的相关研究数据

体内交联质谱（XL-MS）能够对活细胞中的蛋白质复合物进行全蛋白质组表征。然而，大多数XL-MS方法在富集过程中会造成显著的样品损失，限制了其在少量样品中的应用，并且重现性较差（20%–40%），阻碍了精确的定量分析。为了克服这些挑战，我们开发了一种新型的膜渗透性交联剂——2,6-二甲基哌啶二琥珀酰亚胺基十三烷酸酯（DPST）。其中，二甲基哌啶基团能够通过串联质谱标签（TMTs）抗体方法一步富集交联肽段，避免了多步富集过程中的样品损失，并允许对低至1E4个细胞进行分析。 DPST 还允许在细胞水平上对交联样品进行轻重同位素标记，从而减少多步制备带来的误差。这会产生用于精确 MS2 定量分析的报告离子，在不增加光谱复杂性的情况下提高信噪比。利用 DPST，我们分析了单个胎鼠原代神经元中的交联，并定量了动态液-液相分离 (LLPS) 环境中的瞬态弱相互作用。此外，DPST 的设计支持多种同位素标记配置（例如，6 重、10 重）。因此，即使样品量有限，DPST 也为基于 XL-MS 的活细胞体内定性和定量分析提供了一种可扩展且稳健的工具。