Phylogenomic tree of Rhizobiales bacteria

Supplementary file associated with Tagirdzhanova et al. 2023. A global survey of lichen symbionts from metagenomes Maximum likelihood phylogenetic tree of Rhizobiales. The tree includes published genomes of Rhizobiales and Rhizobiales MAGs derived from lichen metagenomes (indicated in red). We generated the alignment of 120 marker genes using GTDB-Tk, and calculated the tree using IQ-TREE. Includes two files: 1. rhizobiales.contree: treefile in Newick format 2. rhizobiales_annotated_tree.svg: annotated tree showing the taxonomic assignments of the genomes and presence/absence of genes related to nitrogen fixing and C1 metabolism本数据集为Tagirdzhanova等（2023）研究的配套补充文件，该研究主题为基于宏基因组的地衣共生菌全球调查。本文件包含根瘤菌目（Rhizobiales）的最大似然系统发育树：树中涵盖已发表的根瘤菌目基因组，以及源自地衣宏基因组的根瘤菌目宏基因组组装基因组（Metagenome-Assembled Genomes，简称MAGs，以红色标注）。本研究通过GTDB-Tk构建了120个标记基因的序列联配，并使用IQ-TREE计算生成该系统发育树。本数据集包含两个文件：1. rhizobiales.contree：Newick格式的树文件；2. rhizobiales_annotated_tree.svg：带注释的系统发育树，展示了各基因组的分类学归属，以及与固氮作用和一碳（C1）代谢相关基因的存在/缺失情况。