Simulaciones de betalactoglobulina-AMBER

Este depósito contiene los archivos de topología, coordenadas y trayectorias de dinámica molecular (DM) generados para el estudio de la β-lactoglobulina bovina (BLG, PDB: 7KP5) mediante simulaciones de todo átomo con el paquete AMBER. El conjunto de datos abarca cuatro sistemas biológicamente relevantes en sus estados apo (proteína libre) y holo (en complejo con dodecil sulfato de sodio, SDS), tanto en la forma monomérica como dimérica. Sistemas simulados Sistema Estado Residuos proteicos Ligando Monómero Apo 162 (cadena A) — Monómero Holo 162 (cadena A) SDS Dímero Apo 324 (cadenas A + B) — Dímero Holo 324 (cadenas A + B) 2 × SDS Todos los sistemas fueron preparados a pH 6, con GLU-89 protonado en cada cadena (pKa calculado > 7, consistente con la conformación cerrada del asa E–F, transición de Tanford). La cadena B del dímero fue reconstruida con Modeller para completar los residuos faltantes en los extremos N-terminal (posiciones 1–6) y C-terminal (posición 162). El enlace disulfuro CYS-106/CYS-119 de la cadena B fue reparado manualmente en UCSF Chimera antes de la parametrización. Protocolo de simulación Campo de fuerza proteico: ff19SB Campo de fuerza del ligando: GAFF2 con cargas AM1-BCC Modelo de agua: OPC (caja octaédrica, 10 Å de padding mínimo) Redistribución de masa de hidrógeno (HMR): aplicada con ParmEd; paso de tiempo de 4 fs Termostato: Langevin (γ = 4 ps⁻¹); temperatura de producción: 300 K Barostato: Monte Carlo; presión de referencia: 1 atm Puentes disulfuro declarados en tleap: CYS-66/CYS-160 y CYS-106/CYS-119 por cadena Equilibración: calentamiento progresivo NVT (100 K → 310 K) seguido de etapas NPT con liberación progresiva de restricciones de posición Producción: NPT sin restricciones con pmemd.cuda; trayectorias guardadas en formato NetCDF Contenido del depósito Cada sistema incluye los siguientes archivos: Topología y coordenadas Archivo Descripción *_original.parm7 Topología generada por tleap (sistema completo con solvente) *_amber.parm7 Topología con HMR aplicada (usada en producción) *_dry.parm7 Topología sin solvente ni iones (para análisis de trayectorias) *_amber.rst7 Coordenadas iniciales para producción *_dry.rst7 Coordenadas de referencia sin solvente Trayectorias Archivo Descripción *.nc Trayectoria de producción completa (sistema seco, sin solvente) *_water.nc Trayectoria de producción completa (con solvente explícito) Archivos de entrada Archivo Descripción md_files.tar.xz Archivos .in para minimización, equilibración (NVT/NPT) y producción Software y versiones AMBER 24 (pmemd.cuda, sander, tleap, parmed, pdb4amber) UCSF Chimera 1.19 (preparación estructural y reparación de enlaces disulfuro) Modeller 10.8 (reconstrucción de residuos faltantes, cadena B del dímero) PROPKA 3 (asignación de estados de protonación a pH 6) PDBFixer (adición de hidrógenos explícitos) Uso recomendado Los archivos *_dry.parm7 y *.nc están diseñados para su uso directo con herramientas de análisis de trayectorias como CPPTRAJ, MDAnalysis o MDTraj. Las trayectorias con solvente (*_water.nc) son adecuadas para análisis que requieran información explícita sobre el entorno acuoso, como el cálculo de la estructura de hidratación o propiedades dieléctricas locales. Para reproducir la preparación del sistema desde la estructura cristalográfica (PDB: 7KP5) o para ejecutar simulaciones adicionales, consultar los archivos de entrada incluidos en md_files.tar.xz y el manual de prácticas asociado a este depósito. Cita recomendada