Weak uORFs analysis

Here we deposited the data required for reproducing the weak uORF analysis (https://github.com/hsinyenwu/Weak_uORFs). The files included: (1) RiboTaper output (ORFs_max_filt_expressed) for uORF list (2) Gtf (Araport11+CTRL_20181206_expressed.gtf) (3) genome FASTA (TAIR10_chr_all_2.fas and its index file TAIR10_chr_all_2.fas.fai) (4) TSS-seq tabular file (TSS-Seq_WT_Nielsen_2019) (5) CAGE tabular file (wt_R123_genome_RiboPlotR.txt) (6) RNA-seq quantification for CDS regions (RSEM_Araport11_1st+2nd_Riboseq_RNA.genes.results_CDS_only) (7) Ribo-seq quantification for CDS regions (RSEM_Araport11_1st+2nd_Riboseq_Ribo.genes.results_CDS_only)本数据集涵盖复现弱上游开放阅读框 (weak uORF) 分析所需的全部数据，相关分析流程的开源代码托管于https://github.com/hsinyenwu/Weak_uORFs。本次提供的文件包括： (1) 针对上游开放阅读框 (upstream open reading frame, uORF) 列表的RiboTaper分析输出文件（ORFs_max_filt_expressed） (2) 通用转录格式 (General Transfer Format, GTF) 注释文件（Araport11+CTRL_20181206_expressed.gtf） (3) 基因组FASTA序列文件（TAIR10_chr_all_2.fas）及其索引文件TAIR10_chr_all_2.fas.fai (4) 转录起始位点测序 (Transcription Start Site sequencing, TSS-seq) 表格文件（TSS-Seq_WT_Nielsen_2019） (5) 基因表达帽分析 (Cap Analysis of Gene Expression, CAGE) 表格文件（wt_R123_genome_RiboPlotR.txt） (6) 编码序列 (Coding Sequence, CDS) 区域的RNA-seq定量结果文件（RSEM_Araport11_1st+2nd_Riboseq_RNA.genes.results_CDS_only） (7) 编码序列区域的Ribo-seq定量结果文件（RSEM_Araport11_1st+2nd_Riboseq_Ribo.genes.results_CDS_only）