Raw data for resting state functional MRI in awake mice using a CryoProbe

用于清醒小鼠静息状态功能性MRI的原始数据，使用CryoProbe进行扫描。包含8只成年雄性C57BL/6J小鼠的数据，使用Bruker 7T MRI设备在日本CIEA进行。数据包括T2w解剖学图像和T2*w GE-EPI图像，详细记录了扫描参数和时间。

Raw data for resting-state functional MRI in awake mice, scanned using a CryoProbe. The dataset includes data from 8 adult male C57BL/6J mice, acquired using a Bruker 7T MRI scanner at CIEA in Japan. The data comprises T2-weighted (T2w) anatomical images and T2*-weighted (T2*w) GE-EPI images, with detailed documentation of scanning parameters and timing.

原始信息汇总

数据集概述

主题

• 8只成年雄性C57BL/6J小鼠（JAX Mice）

扫描信息

• 使用Bruker 7T MRI设备，位于日本CIEA
• 测量时间：2016年8月22日至10月27日

T2w解剖结构扫描

• 技术：2D RARE
• 分辨率：0.75 x 0.75 x 3 mm^3
• 矩阵：256 x 256 x 52

T2*w GE-EPI扫描

• 运行次数：15次
• 技术：GE-EPI
• 分辨率：0.2 x 0.2 x 0.75 mm^3
• 矩阵：64 x 64 x 18
• TR：1.5秒
• TE：15毫秒
• 体积：400（不包括虚拟扫描）
• 扫描时间：10分钟

预处理

• 尺度维度单位为原始空间的10倍

搜集汇总

数据集介绍

构建方式

该数据集通过使用CryoProbe技术，采集了8只成年雄性C57BL/6J小鼠在清醒状态下的静息态功能性磁共振成像（fMRI）数据。实验在日本CIEA的Bruker 7T MRI设备上进行，数据采集时间为2016年8月22日至10月27日。数据集包括T2加权解剖成像和T2*加权梯度回波平面成像（GE-EPI），分别以0.75 x 0.75 x 3 mm^3和0.2 x 0.2 x 0.75 mm^3的分辨率进行扫描。每只小鼠进行了15次GE-EPI扫描，每次扫描持续10分钟，共采集400个时间点。

使用方法

该数据集适用于研究小鼠在清醒状态下的脑功能连接和静息态网络。研究人员可以通过分析GE-EPI数据，探索不同脑区之间的功能连接模式。T2加权解剖成像数据可用于定位和分割脑区，辅助功能数据的空间配准。预处理后的数据可以直接用于功能连接分析、网络建模等研究。此外，数据集的高分辨率和长时间序列为时间动态分析和机器学习模型的训练提供了丰富的信息。

背景与挑战

背景概述

该数据集由日本CIEA研究所于2016年创建，主要研究人员利用Bruker 7T MRI设备对8只成年雄性C57BL/6J小鼠进行了静息态功能磁共振成像（fMRI）研究。研究旨在探索小鼠在清醒状态下的脑功能连接模式，为神经科学研究提供了宝贵的数据资源。通过高分辨率的T2加权解剖成像和T2*加权梯度回波平面成像（GE-EPI），该数据集为理解小鼠大脑的功能网络奠定了基础，对神经影像学和脑科学领域具有重要的参考价值。

当前挑战

该数据集在构建过程中面临多重挑战。首先，清醒小鼠的fMRI数据采集需要克服动物运动伪影和生理噪声的干扰，这对实验设计和数据预处理提出了较高要求。其次，高分辨率成像对设备的稳定性和数据处理能力提出了严峻考验，尤其是在长时间扫描中保持信号一致性。此外，如何从复杂的fMRI数据中提取有效的功能连接信息，并确保其生物学意义，也是研究中的关键难题。这些挑战不仅影响了数据的质量，也对后续分析方法的开发提出了更高的要求。

常用场景

经典使用场景

该数据集主要用于研究小鼠在清醒状态下的静息态功能磁共振成像（fMRI）。通过使用CryoProbe技术，研究人员能够在小鼠保持清醒的情况下获取高质量的脑部成像数据，这对于理解大脑在自然状态下的功能连接和神经活动模式具有重要意义。

解决学术问题

该数据集解决了在动物模型中获取高质量静息态fMRI数据的难题，尤其是在小鼠清醒状态下进行成像的技术挑战。通过提供高分辨率的脑部成像数据，研究人员能够更准确地分析大脑功能网络，进而推动神经科学领域对大脑功能连接和神经活动模式的理解。

实际应用

在实际应用中，该数据集为神经科学研究提供了宝贵的数据资源，特别是在研究神经退行性疾病、精神疾病以及药物对大脑功能的影响方面。通过分析这些数据，研究人员可以开发新的治疗策略，并评估现有治疗方法的效果。

数据集最近研究

最新研究方向

近年来，随着神经科学领域对小鼠模型研究的深入，利用功能性磁共振成像（fMRI）技术探索小鼠静息状态下的脑功能连接成为热点。该数据集提供了使用CryoProbe在清醒小鼠中采集的静息态fMRI原始数据，为研究小鼠大脑网络动态变化提供了宝贵资源。当前研究聚焦于通过高分辨率成像技术揭示小鼠大脑在静息状态下的功能连接模式，并结合先进的预处理方法，探索其在神经退行性疾病模型中的应用潜力。这一方向不仅推动了小鼠脑功能成像技术的发展，也为理解人类脑疾病的机制提供了重要参考。