PDBbind v.2013 core set prepared

PDBbind v.2013 core set manually curated to optimize the hydrogen bond network considering protein and ligand protonation states.The description of this dataset preparation is published in the following reference:Guedes, I. A.; Barreto, A. M. S.; Marinho, D.; Krempser, E.; Kuenemann, M. A.; Sperandio, O.; Dardenne, L. E.; Miteva, M. A. New Machine Learning and Physics-Based Scoring Functions for Drug Discovery. <i>Sci Rep</i> <b>2021</b>, <i>11</i> (1), 3198. https://doi.org/10.1038/s41598-021-82410-1.

PDBbind v.2013核心数据集经人工精心整理，在兼顾蛋白质与配体质子化状态的前提下优化了氢键网络。该数据集的制备方法相关描述已发表于下述参考文献：Guedes, I. A.; Barreto, A. M. S.; Marinho, D.; Krempser, E.; Kuenemann, M. A.; Sperandio, O.; Dardenne, L. E.; Miteva, M. A. 《用于药物发现的新型机器学习与基于物理的评分函数》。*Sci Rep*，2021年，第11卷第1期，第3198页。https://doi.org/10.1038/s41598-021-82410-1.

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

PDBbind v.2013 core set prepared是一个经过手动整理的蛋白质-配体结合数据集，专注于优化氢键网络和质子化状态，用于药物发现中的机器学习和评分函数研究。数据集遵循CC BY 4.0许可，属于计算化学领域。