LettuceGDB

Here, we report the establishment of a comprehensive lettuce database, LettuceGDB (https://www.lettucegdb.com/). As an omics data hub, the current LettuceGDB includes two reference genomes with detailed annotations; re-sequencing data from over 1000 lettuce varieties; a collection of more than 1300 worldwide germplasms and millions of accompanying phenotypic records obtained with manual and cutting-edge phenomics technologies; re-analyses of 256 RNA sequencing datasets; a complete miRNAome; extensive metabolite information for representative varieties and wild relatives; epigenetic data on the genome-wide chromatin accessibility landscape; and various lettuce research papers published in the last decade. Five hierarchically accessible functions (Genome, Genotype, Germplasm, Phenotype, and O-Omics) have been developed with a user-friendly interface to enable convenient data access.本研究报道了综合性生菜数据库LettuceGDB（https://www.lettucegdb.com/）的构建。作为组学数据枢纽，当前版本的LettuceGDB收录内容包括：两份带有精细注释的参考基因组；1000余份生菜品种的重测序数据；1300余份全球收集的生菜种质资源，以及通过人工手段与前沿表型组学技术获取的百万级配套表型记录；256套RNA测序数据集的重分析结果；完整的miRNA组（miRNAome）；代表性栽培品种与野生近缘种的全面代谢物信息；覆盖全基因组范围的染色质开放态表观遗传数据；以及近十年间发表的各类生菜相关研究论文。该数据库开发了五大层级化可访问功能模块（基因组（Genome）、基因型（Genotype）、种质资源（Germplasm）、表型（Phenotype）与O-组学（O-Omics）），并配备用户友好的界面以实现便捷的数据获取。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

LettuceGDB是一个综合性的生菜多组学数据平台，整合了基因组注释、重测序数据、全球种质资源、表型记录、RNA-seq分析、miRNA组、代谢物信息和表观遗传数据等。该数据库提供五大功能模块（基因组、基因型、种质、表型和O-Omics），并通过用户友好界面支持便捷的数据访问。