Understanding Electron Transfer Reactions using Constrained Density Functional Theory: Complications due to Surface Interactions

For reproducing the results presented in "Hashemi, A., Peljo, P., & Laasonen, K. (2022). Understanding Electron Transfer Reactions using Constrained Density Functional Theory: Complications due to Surface Interactions", this database provides the input files and CDFT-AIMD trajectory information. Please refer to the publication if you wish to use these data. ---------------------------------------**************************************************************************------------------------------------------------- This study was financed by the Horizon 2020 Framework Programme CompBat with project number 875565. We also thank CSC-IT Center for Science Ltd. and Aalto Science-IT project for generous grants of computer time. ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- The content of a directory is shown in a tree-like format: ├── 1DMDQ │ ├── 1_md │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── dmdq-md-pos-1.xyz │ │ ├── md.inp │ │ ├── pos.xyz │ │ ├── submit.sh │ │ └── subsys.inc │ ├── 2_cdftaimd │ │ ├── state_a │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ ├── frame.xyz │ │ │ └── subsys.inc │ │ ├── state_b │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── state_c │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── cdft_md.bash │ │ ├── cdft_md.inp │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ └── subsys.inc │ └── 3_cdft_wH2O_sccs │ ├── state_a │ │ ├── framePrint.py │ │ ├── input_files │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── README │ ├── state_b │ │ ├── b_to_a.tar.gz │ │ └── b_to_c.tar.gz │ └── state_c │ ├── framePrint.py │ ├── input_files │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ └── subsys.inc │ └── README ├── 2MeVi │ ├── 1_md │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── md.inp │ │ ├── mevi-md-pos-1.xyz │ │ ├── pos.xyz │ │ ├── submit.sh │ │ └── subsys.inc │ ├── 2_cdftaimd │ │ ├── state_a │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ └── subsys.inc │ │ ├── state_b │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ ├── frame.xyz │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── state_c │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── cdft_md.bash │ │ ├── cdft_md.inp │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ ├── frame.xyz │ │ └── subsys.inc │ └── 3_cdft_wH2O_sccs │ ├── state_a │ │ ├── framePrint.py │ │ ├── input_files │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── README │ ├── state_b │ │ ├── b_to_a │ │ │ ├── framePrint.py │ │ │ ├── input_files │ │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ │ └── subsys.inc │ │ │ └── README │ │ └── b_to_c │ │ ├── framePrint.py │ │ ├── input_files │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── README │ └── state_c │ ├── framePrint.py │ ├── input_files │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ └── subsys.inc │ └── README ├── 3OHVi │ ├── 1_md │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── md.inp │ │ ├── ohvi-md-pos-1.xyz │ │ ├── pos.xyz │ │ ├── submit.sh │ │ └── subsys.inc │ ├── 2_cdftaimd │ │ ├── state_a │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ ├── frame.xyz │ │ │ └── subsys.inc │ │ ├── state_b │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ ├── frame.xyz │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── state_c │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── cdft_md.bash │ │ ├── cdft_md.inp │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ ├── frame.xyz │ │ └── subsys.inc │ └── 3_cdft_wH2O_sccs │ ├── state_a │ │ ├── framePrint.py │ │ ├── input_files │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── README │ ├── state_b │ │ ├── b_to_a │ │ │ ├── framePrint.py │ │ │ ├── input_files │ │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ │ └── subsys.inc │ │ │ └── README │ │ ├── b_to_a.tar.gz │ │ ├── b_to_c │ │ │ ├── framePrint.py │ │ │ ├── input_files │ │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ │ └── subsys.inc │ │ │ └── README │ │ └── b_to_c.tar.gz │ └── state_c │ ├── framePrint.py │ ├── input_files │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ └── subsys.inc │ └── README ├── 4dBR5 │ ├── 1_md │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── dmdq-md-pos-1.xyz │ │ ├── md.inp │ │ ├── pos.xyz │ │ ├── submit.sh │ │ └── subsys.inc │ ├── 2_cdftaimd │ │ ├── state_a │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ ├── frame.xyz │ │ │ └── subsys.inc │ │ ├── state_b │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ ├── frame.xyz │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── state_c │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── cdft_md.bash │ │ ├── cdft_md.inp │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ ├── frame.xyz │ │ └── subsys.inc │ └── 3_cdft_wH2O_sccs │ ├── state_a │ │ ├── framePrint.py │ │ ├── input_files │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── README │ ├── state_b │ │ ├── b_to_a.tar.gz │ │ └── b_to_c.tar.gz │ └── state_c │ ├── framePrint.py │ ├── input_files │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ └── subsys.inc │ └── README ├── 52HNQ │ ├── 1_md │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── hnq-md-pos-1.xyz │ │ ├── md.inp │ │ ├── pos.xyz │ │ ├── submit.sh │ │ └── subsys.inc │ ├── 2_cdftaimd │ │ ├── state_a │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ ├── frame.xyz │ │ │ └── subsys.inc │ │ ├── state_b │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── cdft_md.bash │ │ │ ├── cdft_md.inp │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ │ ├── frame.xyz │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── state_c │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── cdft_md.bash │ │ ├── cdft_md.inp │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz │ │ ├── frame.xyz │ │ └── subsys.inc │ └── 3_cdft_wH2O_sccs │ ├── state_a │ │ ├── framePrint.py │ │ ├── input_files │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ │ └── subsys.inc │ │ └── README │ ├── state_b │ │ ├── b_to_a.tar.gz │ │ └── b_to_c.tar.gz │ └── state_c │ ├── framePrint.py │ ├── input_files │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash │ │ ├── becke_twoconstraints.inc │ │ ├── dft-common-params.inc │ │ ├── energy_cdft.inp │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp │ │ └── subsys.inc │ └── README └── 6_n_H2O_effect_mevi ├── 08h2o │ ├── framePrint.py │ ├── README │ ├── state_a.tar.gz │ └── state_b.tar.gz ├── 10h2o │ ├── framePrint.py │ ├── README │ ├── state_a.tar.gz │ └── state_b.tar.gz ├── 20h2o │ ├── framePrint.py │ ├── README │ ├── state_a.tar.gz │ └── state_b.tar.gz ├── 40h2o │ ├── framePrint.py │ ├── README │ ├── state_a.tar.gz │ └── state_b.tar.gz ├── 97h2o │ ├── framePrint.py │ ├── README │ ├── state_a.tar.gz │ └── state_b.tar.gz └── fig3.png 74 directories, 301 files ------------------------------------------------------- There are 6 directories: 1DMDQ, 2MeVi, 3OHVi, 4dBR5, 52HNQ, 6_n_H2O_effect_mevi. Except for "6_n_H2O_effect_mevi", we see 3 subdirectories named 1_md, 2_cdftaimd, and 3_cdft_wH2O_sccs. The input files and AIMD trajectories can be found in 1_md. While 2_cdftaimd contains the CDFT-AIMD input files and trajectories. To reproduce snapshots and input files of 3_cdft_wH2O_sccs, follow the README files in the subdirectories. The directory "6_n_H2O_effect_mevi" contains the number of water effects (Figure 3 of the publication). Users are guided by README files once again.