CottonGen

This FAIRsharing record describes: CottonGen is a cotton community genomics, genetics and breeding database being developed to enable basic, translational and applied research in cotton. It is being built using the open-source Tripal database infrastructure. CottonGen supercedes CottonDB and the Cotton Marker Database, with enhanced tools for easier data sharing, mining, visualization and data retrieval of cotton research data. CottonGen contains annotated whole genome sequences, unigenes from expressed sequence tags (ESTs), markers, trait loci, genetic maps, genes, taxonomy, germplasm, publications and communication resources for the cotton community. Annotated whole genome sequences of Gossypium raimondii are available with aligned genetic markers and transcripts.

本FAIRsharing记录介绍如下：棉花社区基因组学、遗传学与育种数据库（CottonGen）是专为棉花领域基础研究、转化研究与应用研究打造的科研数据库。该数据库基于开源Tripal数据库架构开发构建。CottonGen取代了CottonDB与棉花标记数据库（Cotton Marker Database），并搭载了优化后的工具集，可更便捷地实现棉花研究数据的共享、挖掘、可视化与检索。CottonGen收录的资源包括注释化全基因组序列、源自表达序列标签（ESTs）的单基因簇、分子标记、性状位点、遗传图谱、基因信息、分类学数据、种质资源、学术文献以及面向棉花科研社区的交流资源。目前已对外开放雷蒙德氏棉（Gossypium raimondii）的注释化全基因组序列，配套包含比对后的遗传标记与转录本数据。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

CottonGen是一个棉花社区基因组学、遗传学和育种的数据库，旨在支持棉花的基础、转化和应用研究。它包含了全基因组序列、标记、性状位点等多种数据类型，并提供了数据共享、挖掘和可视化的工具。