剖析体内交联剂性能：探索结构动态性与分子刚性的相关研究数据

理解蛋白质的结构与动力学对于阐明其生物学功能至关重要。实验技术的近期进展以及以AlphaFold为代表的AI预测方法，显著提升了我们测定蛋白质结构的能力。然而，大多数方法基于体外研究，往往难以捕捉蛋白质在活细胞内的复杂行为。本研究重点关注活体化学交联质谱，认为其是研究原生细胞环境中蛋白质结构的一种有前景的方法。我们系统评估了四种常用交联剂的性能，分析了它们的结构特征（如长度和二面角）以及由此产生的热力学和动力学行为。通过整合大量的活体交联质谱数据与全原子分子动力学模拟，我们阐明了交联剂结构与其探测蛋白质动力学有效性之间的关系。研究结果表明，交联剂的柔韧性与结构特征密切相关，并且进一步揭示，刚性更强的交联剂能够捕获更多的蛋白质动态信息，尤其是无序区域的动态变化。这项研究为交联剂的选择与设计提供了关键见解，为未来的活体交联质谱应用提供了一个框架，旨在推动我们对活细胞中蛋白质动态与相互作用的理解。