犬圆环病毒从野生到家养食肉动物的进化动力学及系统地理学分析

圆环病毒是相对较新的病原体，新的圆环病毒不断被发现，宿主范围越来越广。最近，据报道，犬圆环病毒（CanineCV）感染了猫和獾，进一步扩大了其宿主范围。以前关于CanineCV进化和传播的研究是零散的。在这里，在对收容所犬进行宏基因组分析时，我们确定了犬圆环病毒阳性率为 32.4%，并获得了三种新的病毒株。此外，我们整合了公开可用的病毒序列，并采用多种生物信息学软件工具来分析CanineCV的进化、密码子使用偏倚、重组、起源、时空分布和宿主适应性。本研究将CanineCV分为5个不同的系统发育分支，根据其地理分布特征系统地命名为China-I、China-II、Cosmopolitan、EA和SEA分支。观察到广泛的分支间重组，在病毒进化中起重要作用，而根据现有序列信息，CanineCV最有可能起源于 秃鹫 vulpes vulpes 1950.7年（1919.4-1975.3,95%HPD）的Vulpes vulpes（PP=0.51），进化速率=2.95×10-3-3-3亚点/年（2.12-3.85×10-3-3-3subs/site/year）。值得注意的是，与先前报道的宿主相比，CanineCV对人类宿主表现出更高的适应性，正如宿主适应性指数所表明的那样，表明该病毒可能是一种潜在的人畜共患病原体。总之，我们的研究揭示了犬类CV的系统地理学和进化动力学，并强调了研究犬类CV的人畜共患潜力的必要性。