CompositionWall Sepsis Six-Gate Audit — R14 analysis package (RE-CAPT / compGate)

R14 canonical deposit **稿件**:`01_Manuscript/CompositionWall_Sepsis_SixGateAudit_Manuscript_R14_8_20260913.md` **版本**:R14_16(2026-09-26) **上一版本**:R14_14(2026-09-24,已发布 https://doi.org/10.5281/zenodo.22942609)→ R14_12(2026-09-20,已发布 https://doi.org/10.5281/zenodo.22860779)→ R14_11(2026-09-14,zip 作废未上传)→ R14_10(2026-09-13,提交前编排与标点修复;已发布 https://doi.org/10.5281/zenodo.22736695)→ R14_9(2026-09-13,存款勘误;内容零改动)→ R14_8(2026-09-13)→ R14_7(2026-09-12)→ R14_6(2026-09-12)→ R14_5(2026-09-12)→ R14_4(2026-09-12)→ R14_3(2026-09-12)→ R14_2(2026-09-10)→ R14_1(2026-09-08) **本版性质**:R14_15(作者修正轮)与 R14_16(同行评审回应轮:分析+文本)合并发布。R14_15:§6 证据错配修正(全队列供者级检验实为 3 指标×6 系=18 检验,Table S84 结构据实改写;4-vs-19 细胞型对比三处 FDR<0.05 首次入正文披露,均 below-floor;Figure 7 图注按表源分层)。R14_16:先预登记(`R14_16_PreReg_20260925.md`,sha256 6861e88f…,三态结局集先于计算)后执行两项分析——**A1 参照敏感性(结局 A1-robust)**:32 签名×2 队列×2 约定×3 参照 384 行全报(LM22-NNLS 对照臂对 S151a/S151c 复现门 100%);frozen→level 翻转方向在局部 REF1 与 LM22-SVR 两替代参照下全部保持,幅度 7–23% vs 50–83%(`Table_S152`);**A2 SRS1 剔除敏感性(结局 A2-universal)**:non-SRS1(10) vs HV 中性粒 RHOT1 d=+2.009(精确置换 P=0.002,MDE 1.56;对照复现 S64c 惯例 1.992;`Table_S153`)——唯一 within-cell 阳性不由 SRS1 极端内型携带。文本轮:摘要加参考限定与 durable-contributions 句、§12 D1b 与 §14 Task C 压缩、Box 1 墙高跨队列不可比限定、Limitations 更新为 A1 实测形态;数字令牌回归零意外差异。详见 `08_Provenance_R14/CHANGELOG_R14_15_20260925.md` 与 `CHANGELOG_R14_16_20260925.md`。**该轮之前的性质(R14_13+R14_14)**:R14_13(质控修复+数据轮)与 R14_14(终审编辑轮)合并发布。R14_13:外部独立复审工单 F1–F4 四项文字修复(0.34 界、54.1–61.9%、10,000-random-pair null、局部参照残差队列限定;零统计量改动,相对 R14.12 基线恰 9 行差异、8/8 grep 断言通过);Task D.2 近失队列 1/4→4/4 补齐(GSE186054/GSE236177/SCP1492 输出与 Outcome JSON 入包);GSE57065/GSE37069/GSE42834 e2e 值级重建 r=1.0(frozen_vs_raw 三行 UNVERIFIED→PASS);GSA-Human 受控访问路径整体舍弃(作者决定 2026-09-22,偏差第六条关闭)。R14_14:终审质控报告 P1–P5 编辑轮(摘要重写 260 词、§13/§14 按科学主题重组、30+ 长句拆分、LM22 单参考限制与组合门敏感度 0.03–0.16 写入正文;数字令牌回归净差异 4 增/22 减全部定性,零数据值意外变动;逐句复核记录入包);INDEX 补 S151c/S39 说明行、S39 加分节注释;2_Raw_Data addendum3(84 个新增原始件登记)入 manifest_addenda。详见 `08_Provenance_R14/CHANGELOG_R14_13_20260922.md`、`CHANGELOG_R14_14_20260922.md` 与 `R14_14_逐句复核记录_20260922.md`。**该轮之前的性质(R14_12)**:导师终审整改轮(零分析、零统计量改动)——① 质控四项必改入包(S125v2 值回填、OLS/edgeR 标签、S51 引文、GSE37250 控制臂);② 稿件文本轮(摘要 354→249 词、三处超长段拆分、run_rhot2.R 悬空引用删除,详见 `08_Provenance_R14/CHANGELOG_R14_12_20260920.md`);③ 新增 `08_Provenance_R14/QC20260916/`(三队列端到端验证 + 四队列 frozen_vs_raw 汇总 + 冻结层复算入口,GSE57065/GSE37069/GSE42834 值级保真由 UNVERIFIED 升级为 verified,经审稿人独立重跑复核)与 `08_Provenance_R14/manifest_addenda/`;④ R14_12 候选清单四项落地(m9 三队列理由、INDEX 修复与 25 行 archival-uncited 标注)。**该轮之前的性质(R14_11)**:独立复核收尾轮(零分析、零统计量改动)——① 纳入 `Supplementary Text S1`(正文 10 处指向它,此前未随包发布,落在新目录 `09_Supplementary_Text/`);② 修正 Data availability 中与本段自述相矛盾的版本标签,并把 `Supplementary Text S1` 补入存款项枚举;③ CAFAS 交互查询页改为随本记录**单独上传**,正文相应表述精确化;④ 包内两份 R10 时代陈旧说明加「时点证言」横幅(正文原样保留)。**该轮之前的性质(R14_10)**:提交前编排与标点修复轮(零分析、零统计量改动)——§14 由三级标题提升为顶层编号章节、Limitations 独立成节、4 处被写成 ASCII 连字符的破折号复原为 U+2014(根因:R14_8 的 `_fix_refs.py` 插入文本时写错字符)。改后 150,442 B,见 `08_Provenance_R14/CHANGELOG_R14_10_20260913.md`。**该轮之前的性质(R14_8)**:终审遗留项闭合轮(零分析、零统计量改动)——文献修正 5 处(ref 57 去 et al.、SLE-1 综述级溯源声明、[26] COI 注记);孤儿输出 `R14_OneK1K_CellType_eQTL_minP.csv` 移出存款(无生成脚本,不补写);任务 B 六张队列核验卡补齐(GSE112057/GSE112087/GSE157103/GSE185576/GSE29366/GSE45291,字段全部由本机 SOFT 逐样本解析);QC #3 据实披露(本存款含本轮新写的评分器);QC #9 以 Zenodo R12.3 记录为基线完成冻结层逐字节比对并销号(319/319 一致,零差异)—— 见 `08_Provenance_R14/CHANGELOG_R14_8_20260913.md` **概念 DOI**:https://doi.org/10.5281/zenodo.22071053(恒定指向最新版本;稿件与本文档只引用概念 DOI + 版本标签,不引用版本 DOI) **本版**:该记录的版本 R14.16(2026-09-26,待发布;上传包 `ZENODO_UPLOAD_R14_16_20260926.zip`,另有 `CAFAS_Query.html` 作为同一记录的独立文件上传) **上一已发布版本**:R14.14(2026-09-24;记录 https://zenodo.org/records/22942609,zip md5 c450f4fd…,发布后 API 核验通过) **再上一已发布版本**:R14.12(2026-09-20;记录 https://zenodo.org/records/22860779,zip md5 99db172f…,2026-09-22 在线核验通过) **Zenodo 版本标签 R14.9**:同一稿件的存款勘误版,仅修正 DOI 引用方式,内容零改动 **上一发布版本(R14.6, 2026-09-12)**:https://doi.org/10.5281/zenodo.22726574 **已作废的中间版本**:https://doi.org/10.5281/zenodo.22728511(v7,装回填前旧包,已加 SUPERSEDED 声明,不得引用) **OSF 预注册**:母方案 https://doi.org/10.17605/OSF.IO/CQDP8;R14 三条事后修正案 https://doi.org/10.17605/OSF.IO/FCPT2(R14-A,date_registered 2026-09-12T10:40:04Z)、https://doi.org/10.17605/OSF.IO/7T5Y2(R14-B,2026-09-12T11:52:13Z)、https://doi.org/10.17605/OSF.IO/7PRQ3(R14-C,2026-09-12T12:36:02Z)。三条均为公开登记;三者都在各自审计**计算完成之后**才登记,该偏离已在稿件 Limitations 与 Table S103 中披露。R14-E1(scGen)为纯 in-silico 描述层,未另立修正案。 本存款是**全部 §14(R14)数字的核验依据**;R10–R12 数字仍以 R12.3 存款 (https://doi.org/10.5281/zenodo.22231865) 为准。 ## 1. 目录结构 - `01_Manuscript/` — 1 个文件 - `02_Supplementary_Tables/` — 263 个文件(R14_16 新增 S152/S153) - `03_R14_Scripts/` — 33 个文件(R14_16 新增 r1416_a1/a2;R14_14 新增 r14d2×3 与 e2e_rebuild_3cohorts) - `04_Environment/` — 1 个文件 - `05_R14_Outputs/` — 31 个文件(R14_16 新增 A1 网格/汇总/JSON 与 A2 表 ×4;R14_14 新增 Task D.2 ×7) - `06_Build_Artifacts/` — 2 个文件 - `07_Registry_Page/` — 1 个文件 - `08_Provenance_R14/` — 91 个文件(R14_16 新增 PreReg、CHANGELOG_R14_15/R14_16、r1416 运行日志 ×2;CHANGELOG_R14_14 与 GSA 三件刷新至活面终态;此前各轮件承袭) - `09_Supplementary_Text/` — 1 个文件(`Supplementary_Text_S1.md`) > **关于存款内的 14 个 `.bak_*` 文件**(13 个在 `02_Supplementary_Tables/`(其中 1 个位于 `_archive_uncited/_R11_move_20260812/` 下)、1 个在 `08_Provenance_R14/`(`TaskD_GSA_Human_Application_Draft.md.bak_preNGDCrewrite`)):它们是 R13/R11 改写前的快照文件(`.bak_r13`、`.bak_pre5state`),自 R14.8/R14.9 打包起即在存款内,属已发布记录的一部分,本项目**刻意保留**(与 `02_Frozen_Analysis` 的 `.bak_r13` 同一处置逻辑),便于审稿人回溯改写前的表值。R14_10 轮**未增未删**;R14_11 轮同样**未增未删**(本版新增的 `08_Provenance_R14/CHANGELOG_R14_11_20260914.md` 与 `09_Supplementary_Text/Supplementary_Text_S1.md` 均非 `.bak_*`);R14_12 轮同样**未增未删** `.bak_*`(新增的 QC20260916/8 件、manifest_addenda/3 件、r16qc1-3 脚本 3 件与 CHANGELOG_R14_12 均非 `.bak_*`);R14_14 轮同样**未增未删** `.bak_*`;R14_16 轮同样**未增未删** `.bak_*`(13 件新增均非 `.bak_*`,就地更新件不变其 `.bak_*` 快照)。 ## 2. §14 数字 → 文件 映射 | §14 内容 | 数字 | 文件 | |---|---|---| | Task A 设计边际审计 | 2/8 触墙单元(全部限于无符号形式);无符号/frozen CAF 0.7694 | `05_R14_Outputs/r14a_designed_margin_audit.csv` | | Task A 签名列表哈希 | SHA-256 | `05_R14_Outputs/r14a_signature_lists_sha256.txt` | | Task B 跨家族审计 | 256 行(含 not-tested 及其原因);约定翻转 4/5 可检验面板;对比属性 2/2 双边际家族 | `05_R14_Outputs/r14b_xfamily_audit.csv` | | Task B 签名列表哈希 | 8 条签名;dengue-2 标 INCOMPLETE_11of18 | `05_R14_Outputs/r14b_xfamily_lists_sha256.txt` | | Task C 报告率筛查 | 领域级估计暂停待重建(去重/双编码/κ) | `05_R14_Outputs/r14c_ror_coding.csv、r14c_ror_coding_fulltext.csv` | | Task C RE-CAPT 清单提案 | — | `05_R14_Outputs/r14c_recapt_checklist_proposal.md` | | Task D 近失队列(**勘误后**) | RHOT1 +0.876 (P=0.215)、RHOT2 −0.905 (P=0.311)、MAI +1.759 (P=0.0619)、MDE 1.972 | `05_R14_Outputs/r14d1_allcell_regenerated_summary.csv` | | Task D 方向三角化 | 四队列方向表(唯一数值;3 一致/1 不一致,全部 below-floor) | `05_R14_Outputs/r14d_direction_triage.md、R14_D2_DirectionTable_withReferences_v2_20260922.csv`(v1 原件保留);三队列明细 `R14_D2_GSE186054/GSE236177/SCP1492_{donorlevel,summary}.csv` | | Task D 勘误记录 | below_floor.csv 的 RHOT1/RHOT2 行实测 ADGRV1/MAST1 | `08_Provenance_R14/R14_D1_Erratum_20260910.md` | | Task E scGen 敲除 | delta −0.0076,rank 1/22 | `05_R14_Outputs/r14e_scgen_shift.csv、R14_E1_scGen_KO_Deltas.csv` | | 注册页 | 41 张卡片(R14 新增 9 张) | `07_Registry_Page/index.html` | | 构建产物 | compGate 0.3.5 | `06_Build_Artifacts/` | | 环境 | pip freeze | `04_Environment/environment_lock.txt` | | A1 参照敏感性(R14_16) | 复现门 100%;frozen 7–23% vs level 50–83%;结局 A1-robust | `05_R14_Outputs/R14_16_A1_Reference_Sensitivity.csv、R14_16_A1_StallSummary.csv、Table_S152` | | A2 SRS1 剔除敏感性(R14_16) | non-SRS1 vs HV RHOT1 d=+2.009(P=0.002,MDE 1.56);结局 A2-universal | `05_R14_Outputs/R14_16_A2_SRS1_Sensitivity.csv、Table_S153`;日志 `08_Provenance_R14/r1416_*.log` | ## 3. 被勘误、不得用于核验的文件 - `05_R14_Outputs/R14_D1_GSE252331_pseudobulk_below_floor.csv`:其 RHOT1/RHOT2 行测量的是 ADGRV1 (ENSG00000164199) 与 MAST1 (ENSG00000105613),不是目标基因。数值 +0.157 / −0.226 / +0.489 **已作废**,保留在原位仅为审计调阅。详见 `08_Provenance_R14/R14_D1_Erratum_20260910.md`。 ## 4. 原始数据下载失败清单(16 项) 以下文件在 `2_Raw_Data/` 下以 `.FAILED_404` 存根记录,表示源站返回 404,未能取得。相关分析改用同源替代路径或记为 not-executable,**无任何数值被填补**。 - `2_Raw_Data/GPL_Annotations/GPL4274.annot.gz.FAILED_404` - `2_Raw_Data/GPL_Annotations/GPL4274.soft.gz.FAILED_404` - `2_Raw_Data/GPL_Annotations/GPL5175.annot.gz.FAILED_404` - `2_Raw_Data/GPL_Annotations/GPL5175.soft.gz.FAILED_404` - `2_Raw_Data/GPL_Annotations/GPL570-57554_family.soft.gz.FAILED_404` - `2_Raw_Data/GPL_Annotations/GPL6947.annot.gz.FAILED_404` - `2_Raw_Data/GPL_Annotations/GPL6947.soft.gz.FAILED_404` - `2_Raw_Data/GPL_Annotations/GPL96.annot.gz.FAILED_404` - `2_Raw_Data/GSE171668_series_matrix.txt.gz.FAILED_404` - `2_Raw_Data/GSE3284/GDS1577.soft.gz.FAILED_404` - `2_Raw_Data/GSE3284/GDS1578.soft.gz.FAILED_404` - `2_Raw_Data/GSE3284/GDS200003284.soft.gz.FAILED_404` - `2_Raw_Data/GSE3284/GPL96.annot.gz.FAILED_404` - `2_Raw_Data/GSE3284/GPL97.annot.gz.FAILED_404` - `2_Raw_Data/GSE36608_family.xml.gz.FAILED_404` - `2_Raw_Data/GSE6269_series_matrix.txt.gz.FAILED_404` ## 5. 图件状态 见交付包 `09_Review_Report/图文核对_R14_1_20260910.md` 与 `08_Provenance_R14/CHANGELOG_R14_3_20260912.md`: - **Figure 11**:与冻结表一致。 - **Figure 2**:R14_3 已重渲染(`03_R14_Scripts/r14_3_render_figure2.py`)——注记框补入 RHOBTB3。新旧 PNG 像素差分 887 像素,边界框 x 736–860 / y 133–153,完全局限于注记框区域;森林图数值层(点、CI、标签)逐像素不变。输入为同一冻结四件套。 - **Figure 12A / 12B**:R14_3 已重渲染(`03_R14_Scripts/r14_3_render_figure12.py`),源数据由冻结表 S151a(frozen uniform)与 S151c(level)重建;渲染前对图注六项契约值逐一断言(16/18、mean 0.68、0/18、mean −0.39、10%/30%、67%/60%)全部通过。日志 `08_Provenance_R14/r14_3_render_figure12.log`。12A 的 16 vs 15 口径已终结:更正后 Suliman4 level CAF = 0.6377 且 stalled = 1,16/18 为真;15/18 系更正前残留。 - **Graphical Abstract**:R14_11 轮**已闭合**。2026-09-14 重渲染为 `07_Built_Figures/GraphicalAbstract_R14_10_20260914.pdf`(54,595 B,sha256 ec4888df1b0e7bda)/ `.png`(343,470 B,3600×2400 @300 dpi),三栏文字与 caption 逐字沿用 `05_Code/make_r10_4_figures.py` 的原始 GA 源码并补入 R14 扩展行(a designed-margin composition audit / an internal cross-family audit / a field reporting-rate screening / a below-floor acute-phase check,措辞取自稿内 §14 标题,未新造任何数字或结论);写盘前断言容器容纳、写盘后按渲染器实测 `window_extent` 断言,**22 处文字零越界**。旧件 `GraphicalAbstract_R12_3.*` 原样保留为历史件。图件不在本存款内(见下方提示)。 R14_3 两轮渲染均以冻结表为输入,**未引入任何统计量改动**;旧图与旧源数据以 `.bak_preR14_3` 保留于工作包。 > **图件文件本身不在本存款内**:本存款为 R14 增量包,图件(含 R14_3 重渲染版 Figure 2 / Figure 12 与 R14_10 重渲染版 Graphical Abstract)随投稿系统单独提交;R10–R12 图件见 R12.3 存款。**投稿时请使用 R14_3 重渲染版 Figure 2 / Figure 12,勿误用 R12.3 中的旧版。** ## 6. 校验 ``` certutil -hashfile <file> SHA256 ``` 与本目录 `SHA256_MANIFEST.txt` 比对。