Nuphar_ABC_Arrigo2016
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This folder contains: - SSR/ = empirical SSR dataset - data/ = ini files, hard coded - Qoutputs/ = quantinemo outputs - Qparams/ = quantinemo parameter files - Qstats/ = final summary stats - scripts/ = all needed scripts, look at README.jpg to get an idea how how the pipeline works - quantinemo = QuantiNemo V 1.6.0 (unreleased), can be downloaded at http://www.unil.ch/popgen/softwares/quantinemo/blaser_et_al_evolution.zip otherwise, contact Samuel Neuenschwander for getting a copy. Note that the pipeline must be started from scripts/ using the following command: perl ABC_loader.pl ncores nmax -ncore = number of parallel instances of quantiNemo you want to run -nmax = launch jobs until reaching nmax CPU load Dependencies: ## Linux OS, Ubuntu 10.04 ## Perl v5.10.1 threads; threads::shared; File::Basename; List::Util qw(shuffle); ## R >= 3.0.0 e1071 ## QuantiNemo: V 1.6.0
本文件夹包含以下内容： - SSR/ 目录：实验性SSR数据集 - data/ 目录：ini配置文件（已硬编码） - Qoutputs/ 目录：QuantiNemo输出结果 - Qparams/ 目录：QuantiNemo参数文件 - Qstats/ 目录：最终汇总统计结果 - scripts/ 目录：所需全部脚本，可查看README.jpg了解该流程管线的运行方式 - quantinemo：未发布的QuantiNemo V 1.6.0版本，可通过以下链接下载：http://www.unil.ch/popgen/softwares/quantinemo/blaser_et_al_evolution.zip；若无法获取，可联系Samuel Neuenschwander索取副本。 请注意，需从scripts/目录下启动该流程管线，执行命令如下： perl ABC_loader.pl ncores nmax 其中： - -ncore：拟运行的QuantiNemo并行实例数量 - -nmax：启动作业直至CPU负载达到nmax阈值 依赖项： ## Linux操作系统（Ubuntu 10.04） ## Perl v5.10.1，及以下模块：threads、threads::shared、File::Basename、List::Util qw(shuffle) ## R语言（版本≥3.0.0），及扩展包e1071 ## QuantiNemo V 1.6.0
