nifH DB

We have developed an annotated nifH sequence database for use in studies of nitrogenase diversity and ecology as described in Gaby & Buckley (2014). The database is in ARB format and contains 32,954 aligned nifH sequences with associated metadata. The sequences are organized phylogenetically and a guide tree is available for navigation. The database also contains full length nifH, nifD, nifK, and 16S rRNA gene sequences extracted from the genomes of 185 nitrogen fixing organisms.本研究开发了一款注释型nifH基因序列数据库，适用于固氮酶（nitrogenase）多样性与生态学相关研究，相关开发细节详见Gaby与Buckley于2014年发表的研究成果。该数据库采用ARB格式构建，共包含32954条经多序列比对的nifH基因序列及配套元数据（metadata）。所有序列均按系统发育关系进行分类组织，同时提供可用于导航的向导树（guide tree）。该数据库还包含从185株固氮生物的基因组中提取的全长nifH、nifD、nifK基因及16S核糖体RNA（16S rRNA）基因序列。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集是一个ARB格式的nifH序列数据库，包含32,954条已对齐的序列及相关元数据，用于研究固氮酶多样性和生态学。序列按系统发育组织，并包含从185个固氮生物基因组提取的完整nifH、nifD、nifK和16S rRNA基因序列。