In Silico Sorghum GxExM Dataset For Prediction Algorithm Comparisons
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# In Silico Sorghum GxExM Dataset For Prediction Algorithm Comparisons ## Background A simulated Multi-Environment Trial (MET) dataset to stimulate the development and comparisons of predictive algorithms to deconvolute genotype-by-environment-by-management interactions in plant breeding. Contains Genomic (SNP & QTL) & Phenotypic Data for Multiple Traits. ### Data ##### Genotype *qtl_effects.csv* Information on Causal Genomic Sites (Quantitative Trait Loci - QTL) & their Effect Sizes on Component Traits; - Column 1: QTL Effect Sizes For Propensity To Tiller (ptt) - Column 1: QTL Effect Sizes For Canopy (ams) - Column 1: QTL Effect Sizes For Maturity (mtu) - Column 2: QTL Order - Column 3: Effect Size of each QTL - Column 4: Location Information of each QTL (ChromosomeNumber_WithinChromosomeIndex) *QtlIndex.csv* Information on QTL position for each Component Trait. Position Number connects to Column order in qtl.csv - Column 1: Per Component Trait QTL Index - Column 2: QTL Positions For Propensity To Tiller (ptt) - Column 3: QTL Positions For Canopy (ams) - Column 4: QTL Positions For Maturity (mtu) *qtl.csv* Information on Number of Gene Copies (Alleles) at each QTL for each individual - 1st Column: Individual ID - 2nd Column Onnwards: QTL Allele Counts *markers.csv* Information on the number of Gene Copies (Alleles) at each SNP (Non-Causal Genomic Sites) for each individual - 1st Column: Individual ID - 2nd Column Onwards: SNP Allele Counts ##### Trait Records *trait_data.csv* Trait Records for each individual - Column 1: Genotype ID - Column 2: Phenotype (without error) for Propensity of Tiller (ptt) - Column 3: Phenotype (without error) for Canopy (ams) - Column 4: Phenotype (without error) for Maturity (mtu) - Column 5: Environment/Site where crop was grown - Column 6: Phenotype (without error) for Biomass - Column 7: Phenotype (without error) for Grain Yield - Column 8: Simulated Error for Grain Yield Observations in Column 9 - Column 9: Phenotype (with error) for Grain Yield (Heritability=0.99)
# 用于预测算法对比的计算机模拟高粱GxExM（Genotype-by-Environment-by-Management）数据集 ## 背景 本数据集为模拟多环境试验（Multi-Environment Trial, MET）数据集，旨在推动植物育种中解析基因型-环境-管理互作的预测算法的开发与对比。数据集包含多性状的基因组（单核苷酸多态性Single Nucleotide Polymorphism, SNP）与数量性状位点（Quantitative Trait Locus, QTL）及表型数据。 ### 数据 ##### 基因型数据 *qtl_effects.csv*：包含因果基因组位点（数量性状位点QTL）及其对组分性状的效应量信息，各列定义如下： - 第1列：分蘖倾向（Propensity To Tiller, ptt）的QTL效应量 - 第2列：冠层性状（Canopy, ams）的QTL效应量 - 第3列：生育期（Maturity, mtu）的QTL效应量 - 第4列：QTL序号 - 第5列：各QTL的效应量 - 第6列：各QTL的位置信息（染色体编号_染色体内索引） *QtlIndex.csv*：各组分性状的QTL位置信息，位置编号与qtl.csv中的列顺序相对应，各列定义如下： - 第1列：各组分性状的QTL索引 - 第2列：分蘖倾向（ptt）的QTL位置 - 第3列：冠层性状（ams）的QTL位置 - 第4列：生育期（mtu）的QTL位置 *qtl.csv*：每个个体各QTL位点的基因拷贝数（等位基因Allele）信息： - 第1列：个体ID - 第2列及后续列：各QTL的等位基因计数 *markers.csv*：每个个体各SNP（非因果基因组位点）位点的基因拷贝数（等位基因）信息： - 第1列：个体ID - 第2列及后续列：各SNP的等位基因计数 ##### 性状记录 *trait_data.csv*：各个体的性状记录，各列定义如下： - 第1列：基因型ID - 第2列：分蘖倾向（ptt）的无误差表型值 - 第3列：冠层性状（ams）的无误差表型值 - 第4列：生育期（mtu）的无误差表型值 - 第5列：作物种植的环境/试验点 - 第6列：生物量的无误差表型值 - 第7列：籽粒产量的无误差表型值 - 第8列：第9列籽粒产量观测值的模拟误差 - 第9列：带模拟误差的籽粒产量表型值（遗传力=0.99）
