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Stacks and Genepop files

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Mendeley Data2024-01-31 更新2024-06-29 收录
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Stacks v 1.36 catalog files and alleles.tsv, matches.tsv, snps.tsv, and tags.tsv files for each individual mapped to Atlantic salmon reference genome. Also included are sumstats.tsv file "batch_1.sumstats.tsv" for individuals grouped into either Susquehanna or Allegheny river basins, and the final filtered GENEPOP file, "batch_1_genepop_HWE001_poolBias.txt" used for analysis after filtering for Hardy Weinberg deviations and for loci that were associated with library pool.

本数据集包含针对所有已比对至大西洋鲑(Atlantic salmon)参考基因组的个体的Stacks v1.36版本参考目录文件,以及等位基因TSV文件、匹配结果TSV文件、单核苷酸多态性(SNP,Single Nucleotide Polymorphism)TSV文件与标签TSV文件。此外还包含针对被划分为萨斯奎汉纳(Susquehanna)河或阿勒格尼(Allegheny)河流域的个体的汇总统计量(sumstats)TSV文件"batch_1.sumstats.tsv",以及经哈迪-温伯格平衡偏差过滤且移除与文库混合池相关的基因座后得到的最终GENEPOP文件"batch_1_genepop_HWE001_poolBias.txt",该文件用于后续分析。

创建时间:
2024-01-31
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