Effects of mechanical stress on the activation mechanism of the angiotensin II type 1 receptor (AT1)

Data set for the article "Mechanical stress and anionic lipids synergistically stabilize an atypical structure of the angiotensin II type 1 receptor (AT1)" by Rym Ben Boubaker, Daniel Henrion and Marie Chabbert The data set includes - DATA: numerical values to generate graphs (DATA_FOR_FIGURES.xlsx) and the TM3-TM6 and TM3_TM7 distances for all the replicas to generate heatmaps and figures (DISTANCES_TM3_TM6_AT1_ALL.xlsx and DISTANCES_TM3_TM7_AT1_ALL.xlsx). - Classical MD trajectories: charmm-gui constructs and trajectories with 55 frames from 0 to 220 ns - Steered MD trajectories: For each replica, charmm-gui constructs, initial snapshots (.coor, .vel, .xsc and .pdb files) and a merged pdb file with 12 frames equidistant on the duration of the simulation (90ns), containing the receptor, water and ions molecules, and lipids within a distance of 8 Å, for straightforward visualization with Pymol - Scripts namd for classical and steered MD simulations and toppar files for Charmm36 forcefield - Scripts tcl for VMD analysis - Scripts for cross-section measurements (.tcl, .sh and .inp files) - Script .pl for quaternion calculation - Scripts for pressure profile measurements (include .tcl, .sh, .inp scripts and test data) - Scripts R for Bio3D analysis, heatmaps, boxplots, and statistical analysis本数据集为Rym Ben Boubaker、Daniel Henrion与Marie Chabbert合著的论文《机械应力与阴离子脂质协同稳定血管紧张素II 1型受体（AT1）的非典型结构》的配套数据集。 本数据集包含如下内容： - 数据文件：用于生成各类图表的数值数据（DATA_FOR_FIGURES.xlsx），以及用于生成热图与相关可视化图表的全部复本的TM3-TM6、TM3-TM7距离数据，分别对应文件DISTANCES_TM3_TM6_AT1_ALL.xlsx与DISTANCES_TM3_TM7_AT1_ALL.xlsx。 - 经典分子动力学轨迹：由charmm-gui构建的模拟体系与轨迹，包含0至220 ns时间区间内的55帧数据。 - 受迫分子动力学轨迹：针对每个复本，包含charmm-gui构建的模拟体系、初始快照文件（.coor、.vel、.xsc及.pdb格式），以及一个合并后的pdb文件；该文件包含90 ns模拟时长内等间距选取的12帧数据，涵盖受体、水分子、离子分子以及与受体距离为8 Å以内的脂质分子，可直接通过PyMOL进行可视化。 - 用于经典与受迫分子动力学模拟的NAMD脚本文件，以及适配Charmm36力场的toppar参数文件。 - 用于VMD分析的TCL脚本文件。 - 用于截面测量的脚本文件，包含.tcl、.sh及.inp格式文件。 - 用于四元数计算的Perl脚本（.pl格式）。 - 用于压力剖面测量的脚本文件，包含.tcl、.sh、.inp脚本及测试数据。 - 用于Bio3D分析、热图绘制、箱线图绘制及统计分析的R脚本文件。