AGORA2 and Apollo - collection of 1,922 pan-species models (.mat)

Individual reconstructions for AGORA2 were downloaded on 11-Nov-2024. The taxonomic information was generated through the updateTaxonomyInfoAgora.m function in the COBRA toolbox.

Individual reconstructions for APOLLO were downloaded on 22-nov-2024. The pan-species models were generated with createPanSpecies.m function in the COBRA toolbox on 25-nov-2024. The taxonomic assignments were obtained from the APOLLO supplementary material file S1, Cell Systems (2024, accepted).

Pan-species were generated through the createPanSpecies.m function in the COBRA toolbox with the updated taxonomic information file. The pan-species were generated on 26-Nov-2024.

AGORA2的独立重建模型于2024年11月11日下载完成，其分类学信息通过COBRA工具箱（COBRA toolbox）中的updateTaxonomyInfoAgora.m函数生成。APOLLO的独立重建模型于2024年11月22日下载完成；其泛物种模型于2024年11月25日通过COBRA工具箱中的createPanSpecies.m函数构建完成，分类学归属信息取自APOLLO的补充材料文件S1，发表于《Cell Systems》（2024年，已接收）。基于更新后的分类学信息文件，通过COBRA工具箱中的createPanSpecies.m函数构建得到泛物种模型，该模型的构建完成时间为2024年11月26日。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集包含1,922个跨物种代谢模型，以MATLAB格式提供，基于AGORA2和APOLLO平台的个体重建数据生成。这些模型利用COBRA工具箱中的算法整合了分类学信息，适用于医学、健康和生命科学领域的研究，并采用CC0 1.0许可允许公开使用。