鼠脑空间转录组与细胞类型注释数据集V2

动物大脑的基因表达与细胞类型的空间分布信息对于理解大脑的功能至关重要。在这里，我们使用snRNA-seq和Stereo-seq技术，生成了一个单细胞分辨率的鼠脑空间转录组图谱，涵盖29,655个基因，同时提供了308种细胞类型的空间分布信息，涉及超过600万个细胞。我们的研究发现了具有时空特异性的基因和调控单元，并提供了鼠脑中多样化细胞簇的空间分布图。

Spatial distribution information of gene expression and cell types in the animal brain is critical for understanding brain functions. Here, we employed snRNA-seq and Stereo-seq technologies to generate a single-cell resolution spatial transcriptomic atlas of the mouse brain, which covers 29,655 genes and provides spatial distribution information for 308 cell types, encompassing over 6 million cells. Our study identified spatiotemporally specific genes and regulatory units, and provided spatial distribution maps of diverse cell clusters in the mouse brain.

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集是一个整合单细胞核RNA测序（snRNA-seq）和空间转录组（Stereo-seq）技术的小鼠大脑图谱，提供了29,655个基因的空间表达信息和308个细胞簇的注释，覆盖超过600万个细胞，具有单细胞分辨率。数据集通过大规模、高分辨率的空间和转录组数据，揭示了小鼠大脑中细胞类型的多样性及其空间分布规律，并发现了具有时空特异性的基因和调控子，为理解大脑功能和神经环路机制提供了重要资源。