利用 APEX-seq 系统发现质膜相关的RNA-seq数据

除核酸外，质膜上还发现了多种生物分子。 然而，研究人员已经意识到 RNA 具有在体外与膜囊泡结合并连接到细胞质膜的能力。 因此，高通量测序和适合标记方法的结合提供了大规模鉴定亚细胞 RNA 的方法。 在这里，我们应用了最近发表的 APEX-seq 方法，并鉴定了 75 个质膜相关 RNA，其中 lncRNA PMAR72 位于膜周围。 此外，我们观察到 PMAR72 集中在特定膜区域的病灶中。 我们的研究结果将为阐述 RNA 与哺乳动物细胞质膜之间的关系提供一些新证据。 总体设计：为以下结构生成标记目标和未标记对照的 APEX-seq 文库：Lck（内部）、Lyn（内部）、CD28（外部）、PDGFR（外部）。 为每个构建体准备了六到八个文库（标记目标有 3 个生物复制，未标记对照有 3 个生物复制）。使用 Illumina 的 VAHTS Fast RNA-seq Library Prep Kit，从富集的总 RNA制备 RNA-seq 文库。 通过配对末端测序在 Illumina X10 上对文库进行测序。数据进行了严格的质控，并进一步使用 Trimmomatics v0.38 进行了预处理。然后使用 HISAT v2.1.0将读数比对到hg38基因组。FPKM由Rsubread和edgeR计算得出。富集倍数变化和p值由edgeR及其负二项式模型量化。