Genome annotation of Macquarie perch

Intermediate and final files generated from the repeat masking and protein coding gene prediction of the Macquarie perch genome (NCBI Bioproject: PRJNA516983) Repeat_Annotation.tar.gz: RepeatMasker and RepeatModeler output - contains de novo repeat library , repeat-masked (soft-masked) genome and repeat annotation in gff3 format. BUSCO_Genome.tar.gz: BUSCO completeness (actinopterygii_odb9) calculation based on whole-genome sequence (-m genome). BUSCO_Protein.tar.gz: BUSCO completeness (actinopterygii_odb9) calculation based on predicted proteins (-m prot) MP.gff3: BRAKER2 annotation in gff3 format MP.gtf: BRAKER2 annotation in gtf format MP.codingseq.fna: BRAKER2 coding sequence output (DNA sequences) MP.faa: BRAKER2 translated coding sequence output (protein sequences) MP_nointernalstop.faa: Filtered BRAKER2 translated coding sequence (no sequences with internal stop codon)本数据集涵盖麦氏鲈（Macquarie perch）基因组的重复序列屏蔽与蛋白质编码基因预测流程所产生的全部中间文件与最终结果，对应NCBI生物项目编号PRJNA516983。 Repeat_Annotation.tar.gz：为RepeatMasker与RepeatModeler的输出产物，包含从头构建的重复序列库、经软屏蔽（soft-masked）处理的重复屏蔽基因组，以及gff3格式的重复序列注释文件。 BUSCO_Genome.tar.gz：基于全基因组序列（参数：-m genome）开展的BUSCO（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs）完整度评估结果，所用基准数据库为actinopterygii_odb9。 BUSCO_Protein.tar.gz：基于预测得到的蛋白质序列（参数：-m prot）开展的BUSCO完整度评估结果，所用基准数据库同为actinopterygii_odb9。 MP.gff3：采用BRAKER2完成注释的gff3格式注释文件。 MP.gtf：采用BRAKER2完成注释的gtf格式注释文件。 MP.codingseq.fna：BRAKER2输出的编码序列DNA文件。 MP.faa：BRAKER2输出的经翻译的编码序列（蛋白质序列）文件。 MP_nointernalstop.faa：经过滤的BRAKER2翻译编码序列文件，已剔除包含内部终止密码子的序列。