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GSD_RAD_SNPs

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DataONE2012-09-17 更新2024-06-27 收录
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GSD_RAD_SNPs contains SNP data, formatted as codominant nucleotide genotypes (e.g. "AT", "CC" etc.) and with missing data marked as "-"). The first two columns give the reference contig where each SNP aligned and its position. The final column gives Nei's Fst between the dune and non-dune ecotypes, estimated by the 'basic.stats' function in the HIERFSTAT package of the R statistical software. The data are sorted on this column. The data columns are as follows: 50 dune individuals, 15 intermediate, 35 non-dune, 10 H. petiolaris and 10 H. annuus.

GSD_RAD_SNPs 数据集包含单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)数据,其格式为共显性核苷酸基因型(例如“AT”、“CC”等),缺失数据以“-”标记。数据集前两列分别标注了每个SNP比对至的参考重叠群(contig)及其物理位置。最后一列给出了沙丘生态型与非沙丘生态型之间的Nei氏F固定指数(Fst),该统计量通过R统计软件HIERFSTAT包中的`basic.stats`函数估算得到。数据集已按照该列进行排序。数据列依次包含:50个沙丘个体、15个中间型个体、35个非沙丘个体、10个H. petiolaris以及10个H. annuus。

创建时间:
2012-09-17
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