LncATLAS

LncATLAS is an easy-to-use web-based visualization tool to obtain quantitative information about subcellular localization of lncRNAs in human cells. Altogether, 6,768 GENCODE-annotated lncRNAs are represented across various compartments of 15 cell lines. In addition, relative concentration index (RCI) is introduced as a useful measure of localization derived from ensemble RNA-seq measurements.

LncATLAS是一款易用的网页端可视化工具，可用于获取人类细胞中长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）的亚细胞定位定量信息。该数据集共收录经GENCODE注释的6768条长链非编码RNA，覆盖15种细胞系的各类亚细胞组分。此外，研究引入了相对浓度指数（relative concentration index，RCI）作为一种基于整合RNA测序（RNA-seq）测量数据推导得到的实用定位量化指标。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

LncATLAS是一个专门用于长非编码RNA（lncRNA）亚细胞定位的交互式数据库，基于GENCODE注释的lncRNA基因，提供相对浓度指数（RCI）来量化RNA在细胞核和细胞质等区室中的分布。它允许用户通过基因名称或ENSEMBL ID搜索lncRNA，并可视化其在不同细胞系中的定位模式，同时支持原始数据下载，便于研究和分析lncRNA的生物学功能。