Phylogenetic Methods From "The evolution of Puf superfamily proteins for rRNA maturation and mRNA translational regulation across the tree of eukaryotes."

Please find enclosed a total of five files per gene examined: # unaligned dataset *.fasta # mafft-linsi aligned dataset*.mafft.fasta # gappyout masked alignement*.mafft.gappyout.fasta # alrt/ultrafast bootstrap maximum-likelihood tree *..mafft.gappyout.*MODEL*.alrt.ultrafastBS.tre # non-parametric bootstrap/transfer bootstrap expectation*..mafft.gappyout.*MODEL*.PMSF_TBE.tre

现将所检测的每个基因对应的共5个文件随附如下：
1. 未比对序列数据集（unaligned dataset），文件格式为*.fasta；
2. 经MAFFT-LINSI比对得到的序列数据集，文件格式为*.mafft.fasta；
3. 经gappyout算法屏蔽空位的比对序列数据集，文件格式为*.mafft.gappyout.fasta；
4. 附带近似似然比检验（approximate likelihood ratio test, ALRT）与超快速自举（ultrafast bootstrap）支持值的最大似然系统发育树，文件格式为*..mafft.gappyout.*MODEL*.alrt.ultrafastBS.tre；
5. 附带非参数自举（non-parametric bootstrap）与转移自举期望（transfer bootstrap expectation, TBE）支持值、采用PMSF方法的系统发育树，文件格式为*..mafft.gappyout.*MODEL*.PMSF_TBE.tre