Materials for "Neuron ID dataset facilitates neuronal annotation for whole-brain activity imaging of C. elegans"

This dataset is materials for a paper entitled "Neuron ID dataset facilitates neuronal annotation for whole-brain activity imaging of C. elegans"(Preprint on bioRxiv: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/698241v2) This dataset includes following materials: Additional file 1: Dataset S1 (zip): Neuron ID dataset (contains positions and expression patterns) and corresponding static 3D images.Additional file 2: Table S1 (xlsx): Summary of neuron ID dataset including expression patterns of the promoters. Additional file 3: Figure S1 (pdf): Correction of posture of the worms.Additional file 4: Figure S2 (pdf): Performance and robustness of the posture correction.Additional file 5: Table S2 (xlsx): Summary statistics for Additional file 4: Figure S2. Additional file 6: Figure S3 (pdf): Movements of the cells during time-lapse imaging.Additional file 7: Table S3 (xlsx): Summary statistics for Additional file 6: Figure S3. Additional file 8: Figure S4 (pdf): Overlay plot of cell positions for all worms Additional file 9: Figure S5 (pdf): Specific-cell-centered landscape. Additional file 10: Figure S6 (pdf): Less varying neuron pairs.Additional file 11: Figure S7 (pdf): Position of posterior pharyngeal bulb affects cell positionsAdditional file 12: Table S4 (xlsx): Summary statistics for Additional file 11: Figure S7.Additional file 13: Figure S8 (pdf): Stability and sparseness of expression pattern.Additional file 14: Table S5 (xlsx): Evaluation result of promoter combinations.Additional file 15: Figure S9 (pdf): An example fluorescent image of JN3039 strain and annotated cell names.Additional file 16 (zip): Dataset S2: Positions of nuclei and expression patterns of landmark fluorescence in the whole-brain imaging strains as the test data for automatic annotation and corresponding static 3D images.Additional file 17: Figure S10 (pdf): Health of 4D strains.Additional file 18: Table S6 (xlsx): Summary statistics for Additional file 17: Figure S10.Additional file 19: Figure S11 (pdf): Comparison of the synthetic atlas and the neuron ID datasetAdditional file 20: Figure S12 (pdf): Variation of relative position of cell pairsAdditional file 21: Figure S13 (pdf): Error rate of each bipartite matching and majority voting.Additional file 22: Figure S14 (pdf): Relationship between error rate of automatic annotation for JN3039 and detected count in the neuron ID datasetAdditional file 23: Figure S15 (pdf): Error rates of the automatic annotation method for the animals in a microfluidic chip Additional file 24: Dataset S3 (zip): A tutorial for semi-automatic annotation using our software.Additional file 25: Figure S16 (pdf): Correct ratio of automatic annotation and its improvement by manual annotationAdditional file 26: Figure S17 (pdf): Most valuable cells for improving accuracy of automatic annotation Additional file 27: Note S1 (docx): Optimization of parameters for atlas generationAdditional file 28: Dataset S4 (zip): Sequences of the promoters in Table 1.Additional file 29: Dataset S5 (zip): All codes for the GUI RoiEdit3D and analysis pipeline to make figures.

本数据集为一篇题为《神经元ID数据集助力秀丽隐杆线虫（C. elegans）全脑活动成像的神经元注释》的论文配套材料（预印本发布于bioRxiv：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/698241v2）。本数据集包含以下配套材料：
附加文件1：数据集S1（压缩包格式）：神经元ID数据集（包含神经元位置与表达模式）及配套静态三维图像。
附加文件2：表格S1（xlsx格式）：神经元ID数据集汇总，包含启动子的表达模式信息。
附加文件3：图S1（pdf格式）：线虫姿态校正方法。
附加文件4：图S2（pdf格式）：姿态校正的性能与鲁棒性。
附加文件5：表格S2（xlsx格式）：附加文件4（图S2）的汇总统计数据。
附加文件6：图S3（pdf格式）：延时成像过程中的细胞运动情况。
附加文件7：表格S3（xlsx格式）：附加文件6（图S3）的汇总统计数据。
附加文件8：图S4（pdf格式）：所有线虫的细胞位置叠加图。
附加文件9：图S5（pdf格式）：以特定细胞为中心的可视化图谱。
附加文件10：图S6（pdf格式）：变异程度较低的神经元对。
附加文件11：图S7（pdf格式）：咽部后球位置对细胞位置的影响。
附加文件12：表格S4（xlsx格式）：附加文件11（图S7）的汇总统计数据。
附加文件13：图S8（pdf格式）：表达模式的稳定性与稀疏性。
附加文件14：表格S5（xlsx格式）：启动子组合的评估结果。
附加文件15：图S9（pdf格式）：JN3039菌株的荧光成像示例及标注后的神经元名称。
附加文件16（压缩包格式）：数据集S2：全脑成像菌株的细胞核位置与标志性荧光表达模式，作为自动注释的测试数据，及配套静态三维图像。
附加文件17：图S10（pdf格式）：四维成像菌株的健康状况。
附加文件18：表格S6（xlsx格式）：附加文件17（图S10）的汇总统计数据。
附加文件19：图S11（pdf格式）：合成图谱与神经元ID数据集的对比。
附加文件20：图S12（pdf格式）：神经元对的相对位置变异情况。
附加文件21：图S13（pdf格式）：各二分匹配与多数投票的错误率。
附加文件22：图S14（pdf格式）：JN3039菌株自动注释错误率与神经元ID数据集的检测计数之间的相关性。
附加文件23：图S15（pdf格式）：微流控芯片中线虫的自动注释方法错误率。
附加文件24：数据集S3（压缩包格式）：使用本团队开发软件进行半自动化注释的教程。
附加文件25：图S16（pdf格式）：自动注释的正确率及人工注释带来的准确率提升。
附加文件26：图S17（pdf格式）：提升自动注释准确率的关键神经元。
附加文件27：补充说明S1（docx格式）：图谱生成的参数优化方法。
附加文件28：数据集S4（压缩包格式）：表格1中提及的启动子序列。
附加文件29：数据集S5（压缩包格式）：GUI工具RoiEdit3D的全部源码及绘图所用的分析流程代码。